Moleküler filojeni, organizmanın evrimsel ilişkileri hakkında bilgi toplamak amacıyla ağırlıklı olarak DNA dizilerinde görülen genetik ve kalıtımsal moleküler farklılıkları analiz eden bir filogenetik dalıdır. Bu analizlerden türler arasındaki çeşitliliğin sağlandığı süreçleri belirlemek mümkündür. Moleküler filogenetik analizin sonucu filogenetik ağaçta gösterilir. Moleküler filojeni "moleküler sistematik" ile benzer bir terimdir. Moleküler sistematik, moleküler filojeniden farklı olarak moleküler verilerin biyocoğrafya ve taksonomide de kullanımını inceler.Felsenstein, J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates Incorporated. .Soltis, P.S., Soltis, D.E., and Doyle, J.J. (1992) Molecular systematics of plants. Chapman & Hall, New York. .Soltis, P.S., Soltis, D.E., and Doyle, J.J. (1998) Molecular Systematics of Plants II: DNA Sequencing. Kluwer Academic Publishers Boston, Dordrecht, London. . == Kaynakça == Kategori:Filogenetik Kategori:Moleküler evrim