Carnivorous, they eat rats, frogs, fish, snakes, crabs, turtles, and deer ​ — in small quantities; large males average only 18 to 24 ounces [500 - 700 g] of food a day.
Būdami gaļēdāji, tie medī žurkas, vardes, zivis, čūskas, krabjus, bruņrupučus un briežus, taču tie nav rijīgi — liels estuāru krokodilu tēviņš vidēji patērē tikai 500 līdz 700 gramu barības dienā.