Threats include oil discharges from passing ships, habitat reduction through human activities, and introduced predators, such as foxes and domestic pets.
Pundurpingvīnus apdraud naftas noplūdes no garāmbraucošajiem kuģiem, dzīvesvietu izpostīšana un plēsēji, kas ievesti no citurienes, piemēram, lapsas, kaķi un suņi.