ويواجه الاطفال المصابون بمتلازمة الكحول الجنيني بالعديد من المصاعب التي تشمل الاعاقة العقلية ،‏ المشاكل اللغوية ،‏ التأخر في النمو ،‏ خللا او اعاقة في الوظائف التي تؤثر في السلوك ،‏ النمو البطيء ،‏ النشاط المفرط ،‏ واضطرابات في السمع والبصر .‏