Those ideas, along with his aversion to the Roman Catholic Church, brought upon Lucaris the hatred and persecution of the Jesuits and those in the Orthodox Church who favored a union with the Catholics.
Vì Lucaris có những ý tưởng đó và ác cảm đối với Giáo Hội Công Giáo La Mã, nên những người ủng hộ việc thống nhất với người Công Giáo bên trong Giáo Hội Chính Thống, cùng những thầy tu Dòng Tên đã thù hận và bắt bớ ông.