Well, a thorn lodged deep under the skin would certainly be painful. So the metaphor suggests something that caused Paul pain — whether physical, emotional, or both.
मत्तय २६: ६७ या वचनात तो शब्दशः अर्थाने, तर १ करिंथकर ४: ११ यात लाक्षणिक अर्थाने वापरण्यात आला आहे.