Nevertheless, the following challenges have been identified: national differences in the implementation of the GFL Regulation at Member State level have been observed, creating in some instances uneven playing field for businesses; a perceived lack of transparency of the risk analysis process; risk communication is, overall, considered not to be effective enough, thus creating a negative impact on consumers' confidence and on the acceptability of risk management decisions; certain limitations in EFSA's capacity to ensure in the long-term sufficient expertise and to fully engage all Member States in scientific cooperation; lengthy authorisation procedures in some sectors.
Sellest hoolimata on tuvastatud järgmised probleemid: üldiseid toidualaseid õigusnorme käsitleva määruse rakendamisel on täheldatud erinevusi liikmesriikide tasandil, mis mõnel juhul tekitavad ettevõtjate jaoks ebavõrdseid tingimusi; riskianalüüsiprotsessi läbipaistvuse tajutav puudumine; riskiteavitust ei peeta üldiselt piisavalt tulemuslikuks, see mõjutab negatiivselt tarbijate usaldust ja riskijuhtimise otsuste vastuvõetavust; teatavad piirangud EFSA suutlikkuses tagada pikaajaline piisav eksperdipädevus ja täielikult kaasata liikmesriigid teaduskoostöösse; mõnes sektoris kestab loamenetlus väga kaua.