Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Erinevused esinesid direktiiviga hõlmatud valdkondades, kus liikmesriigid olid vastu võtnud täiendavad õigusaktid, näiteks direktiivi 2009/41/EÜ sätete laiendamiseks geneetiliselt muundatud taimedele ja loomadele või igast 1. liiki kuuluvast tegevusest teatamise nõuete säilitamiseks, või nõudsid direktiivi 2009/41/EÜ sätete kohaldamisel kõikide liikide puhul jäätmete inaktiveerimist enne kõrvaldamist või sõltumatu nõuandva teadusasutuse kasutamist teadete hindamiseks.