Unterschiede ergaben sich entweder in den unter die Richtlinie fallenden Bereichen, in denen die Mitgliedstaaten zusätzliche Rechtsvorschriften erlassen haben, beispielsweise zur Ausdehnung der Bestimmungen der Richtlinie 2009/41/EG auf GV-Pflanzen und -Tiere oder zur Aufrechterhaltung des Erfordernisses einer Anmeldung jeder Klasse-1-Tätigkeit, oder wenn sie die Richtlinie 2009/41/EG dahin gehend anwendeten, dass sie die Inaktivierung des Abfalls vor der Entsorgung für alle Klassen vorschrieben oder unabhängige wissenschaftliche Beratungsgremien mit der Bewertung der Anmeldungen betrauten.
Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.