Nevertheless, the following challenges have been identified: national differences in the implementation of the GFL Regulation at Member State level have been observed, creating in some instances uneven playing field for businesses; a perceived lack of transparency of the risk analysis process; risk communication is, overall, considered not to be effective enough, thus creating a negative impact on consumers' confidence and on the acceptability of risk management decisions; certain limitations in EFSA's capacity to ensure in the long-term sufficient expertise and to fully engage all Member States in scientific cooperation; lengthy authorisation procedures in some sectors.
Tomēr tika arī konstatētas problēmas: dalībvalstu līmenī vērojama atšķirīga VPA regulas īstenošana, kas dažos gadījumos uzņēmumiem rada nevienlīdzīgus tirgus apstākļus; pastāv uzskats, ka riska analīzes procesā trūkst pārredzamības; kopumā riska paziņošana netiek uzskatīta par pietiekami efektīvu, un tas negatīvi ietekmē patērētāju uzticēšanos un riska pārvaldības lēmumu pieņemamību; pastāv zināmi ierobežojumi attiecībā uz EFSA spēju ilgtermiņā saglabāt pietiekamu zinātnisko lietpratību un panākt, lai visas dalībvalstis pilnvērtīgi iesaistītos zinātniskajā sadarbībā; atsevišķās nozarēs ir ilgas atļauju piešķiršanas procedūras.