Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Atšķirības radās tajās direktīvas jomās, kurās dalībvalstis ir vai nu pieņēmušas papildu valsts tiesību aktus, piemēram, paplašinot Direktīvas 2009/41/EK noteikumus, lai ietvertu ĢM augus un dzīvniekus, un saglabājot paziņošanas prasības attiecībā uz katru 1. kategorijas darbību, vai kurās dalībvalstis piemēro Direktīvas 2009/41/EK noteikumus, attiecībā uz visām kategorijām paredzot atkritumu inaktivēšanu pirms likvidēšanas vai izmantojot neatkarīgas padomdevējas struktūras paziņojumu novērtēšanai.