Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Skirtumų atsirado tose į direktyvos taikymo sritį patenkančiose srityse, dėl kurių valstybės narės priėmė papildomus teisės aktus, pvz., išplėsdamos Direktyvos 2009/41/EB nuostatų taikymą genetiškai modifikuotiems augalams ir gyvūnams, palikdamos reikalavimus pranešti apie prie 1 klasės priskiriamą veiklą, arba taikant Direktyvos 2009/41/EB nuostatas, pagal kurias valstybės narės reikalauja, kad vykdant visų klasių veiklą, prieš šalinant atliekas, jos būtų inaktyvintos, arba samdo nepriklausomas patariamąsias mokslines institucijas pranešimams įvertinti.