Nevertheless, the following challenges have been identified: national differences in the implementation of the GFL Regulation at Member State level have been observed, creating in some instances uneven playing field for businesses; a perceived lack of transparency of the risk analysis process; risk communication is, overall, considered not to be effective enough, thus creating a negative impact on consumers' confidence and on the acceptability of risk management decisions; certain limitations in EFSA's capacity to ensure in the long-term sufficient expertise and to fully engage all Member States in scientific cooperation; lengthy authorisation procedures in some sectors.
Vis dėlto nustatyti šie sunkumai: įgyvendinant BMT reglamentą valstybių narių lygmeniu pastebėti nacionaliniai skirtumai, dėl kurių tam tikrais atvejais įmonėms susiklosto nevienodos sąlygos; numanomas rizikos analizės proceso skaidrumo trūkumas; apskritai manoma, kad pranešimas apie riziką nėra pakankamai veiksmingas, todėl daromas neigiamas poveikis vartotojų pasitikėjimui ir rizikos valdymo sprendimų priimtinumui; kartais ribotos EFSA galimybės ilgainiui užtikrinti pakankamas dalykines žinias ir į mokslinį bendradarbiavimą įtraukti visas valstybes nares; kai kurių sektorių ilgos leidimo suteikimo procedūros.