Nevertheless, the following challenges have been identified: national differences in the implementation of the GFL Regulation at Member State level have been observed, creating in some instances uneven playing field for businesses; a perceived lack of transparency of the risk analysis process; risk communication is, overall, considered not to be effective enough, thus creating a negative impact on consumers' confidence and on the acceptability of risk management decisions; certain limitations in EFSA's capacity to ensure in the long-term sufficient expertise and to fully engage all Member States in scientific cooperation; lengthy authorisation procedures in some sectors.
Ugyanakkor az alábbi kihívásokat azonosították: az általános élelmiszerjogi rendelet tagállami szintű végrehajtásában eltérések figyelhetők meg, amelyek bizonyos esetekben egyenlőtlen versenyfeltételeket eredményeznek a vállalkozások számára; a kockázatelemzési eljárások átláthatóságának vélt hiánya; a kockázati kommunikációt általában véve nem tekintik elég hatékonynak, ami negatív hatással van a fogyasztói bizalomra és a kockázatkezeléssel kapcsolatos döntések elfogadhatóságára; az EFSA-nak bizonyos mértékben korlátozottak a képességei, hogy hosszú távon biztosítsa a megfelelő szakértelmet, valamint minden tagállamot teljes mértékben bevonjon a tudományos együttműködésbe; hosszadalmas engedélyezési eljárások egyes ágazatokban.