Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Különbségek azokon az irányelv hatálya alá tartozó területeken merültek fel, ahol a tagállamok kiegészítő jogszabályokat fogadtak el, például a géntechnológiával módosított növényekre és állatokra is kiterjesztették a 2009/41/EK irányelv rendelkezéseinek hatályát, vagy az 1. osztályba tartozó összes tevékenységre vonatkozóan megtartották a bejelentési követelményeket, illetve ahol úgy alkalmazzák a 2009/41/EK irányelv rendelkezéseit, mint amelyek minden osztályra előírják a hulladékok ártalmatlanítás előtti inaktiválását vagy a független tudományos tanácsadó testületek bejelentések elbírálása céljából történő alkalmazását.