In countries where there are no authorised GM waste treatment facilities, the users inactivate their GMO waste themselves (Denmark, Estonia) or use the general waste treatment facilities available (Belgium, Bulgaria, Hungary, the Czech Republic, Spain and Sweden).
Azokban az országokban, ahol nem állnak rendelkezésre GM-hulladékok számára létrehozott, hivatalosan jóváhagyott hulladékkezelő létesítmények, a felhasználók vagy maguk gondoskodnak a GMO-hulladékok inaktiválásáról (Dánia és Észtország), vagy pedig a rendelkezésre álló, általános hulladékkezelő létesítményeket veszik igénybe (Belgium, Bulgária, a Cseh Köztársaság, Magyarország, Spanyolország és Svédország).