Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Des différences apparaissent toutefois dans certains domaines régis par la directive, pour lesquels les États membres ont adopté des dispositions législatives supplémentaires - par exemple extension de la portée des dispositions de la directive 2009/41/CE aux plantes et aux animaux GM ou maintien des exigences en matière de notification pour chaque opération de classe 1 - ou lorsqu'ils appliquent les dispositions de la directive 2009/41/CE, par exemple en exigeant pour toutes les classes l'inactivation des déchets avant leur élimination ou en recourant à des organes consultatifs scientifiques indépendants pour évaluer les notifications.