Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Eroja tuli esiin niillä direktiivin kattamilla aloilla, joilla jäsenvaltiot olivat joko antaneet uutta lainsäädäntöä eli esimerkiksi ulottaneet direktiivin 2009/41/EY säännökset kattamaan muuntogeeniset kasvit ja eläimet ja säilyttäneet kutakin luokan 1 toimintaa koskevat ilmoittamisvaatimukset, tai kun jäsenvaltiot sovelsivat direktiivin 2009/41/EY säännöksiä ja edellyttivät jätteen inaktivointia ennen jätteen hävittämistä kaikkien luokkien osalta tai riippumattomien neuvoa-antavien tieteellisten elinten käyttöä ilmoitusten arviointiin.