Nevertheless, the following challenges have been identified: national differences in the implementation of the GFL Regulation at Member State level have been observed, creating in some instances uneven playing field for businesses; a perceived lack of transparency of the risk analysis process; risk communication is, overall, considered not to be effective enough, thus creating a negative impact on consumers' confidence and on the acceptability of risk management decisions; certain limitations in EFSA's capacity to ensure in the long-term sufficient expertise and to fully engage all Member States in scientific cooperation; lengthy authorisation procedures in some sectors.
Esiin on kuitenkin tullut seuraavia haasteita: kansalliset erot elintarvikelainsäädäntöä koskevan asetuksen täytäntöönpanossa jäsenvaltioissa, mikä aiheuttaa joissakin tapauksissa epätasapuoliset toimintaedellytykset yrityksille; koettu avoimuuden puute riskianalyysiprosessissa; riskiviestintää ei pidetä riittävän tehokkaana, mikä vaikuttaa kielteisesti kuluttajien luottamukseen ja riskinhallintapäätösten hyväksyttävyyteen; tietyt rajoitukset EFSAn valmiudessa taata pitkällä aikavälillä riittävä asiantuntemus ja sitouttaa kaikki jäsenvaltiot täysimääräisesti tieteelliseen yhteistyöhön; pitkälliset lupamenettelyt joillakin sektoreilla.