Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Au apărut diferențe în ceea ce privește domeniile cuprinse în directivă, cu privire la care statele membre fie au adoptat legi suplimentare, de exemplu, pentru extinderea domeniului de aplicare al dispozițiilor Directivei 2009/41/CE în vederea includerii plantelor și animalelor modificate genetic, cu păstrarea cerințelor de notificare pentru fiecare activitate din clasa 1, fie, atunci când au aplicat dispozițiile Directivei 2009/41/CE, astfel cum se prevede pentru toate clasele, au stabilit inactivarea deșeurilor înainte de eliminare sau apelarea la organisme științifice consultative pentru evaluarea notificărilor.