Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Foram detetadas diferenças nos domínios abrangidos pela diretiva em que os Estados-Membros adotaram legislação adicional, por exemplo, ao alargar as disposições da Diretiva 2009/41/CE aos vegetais e animais GM, mantendo as exigências de notificação para cada atividade da classe 1, ou aplicaram as disposições da Diretiva 2009/41/CE exigindo em relação a todas as categorias a desativação dos resíduos antes da sua eliminação ou recorrendo a organismos científicos consultivos independentes para a avaliação das notificações.