Nevertheless, the following challenges have been identified: national differences in the implementation of the GFL Regulation at Member State level have been observed, creating in some instances uneven playing field for businesses; a perceived lack of transparency of the risk analysis process; risk communication is, overall, considered not to be effective enough, thus creating a negative impact on consumers' confidence and on the acceptability of risk management decisions; certain limitations in EFSA's capacity to ensure in the long-term sufficient expertise and to fully engage all Member States in scientific cooperation; lengthy authorisation procedures in some sectors.
Unatoč tomu, utvrđeni su sljedeći izazovi: uočene nacionalne razlike u provedbi Uredbe o općim propisima o hrani na razini država članica koje u određenim slučajevima stvaraju nejednake tržišne uvjete za poduzeća, percipirani nedostatak transparentnosti procesa analize rizika, općenita nedovoljna djelotvornost obavješćivanja o riziku koja negativno utječe na povjerenje potrošača i prihvatljivost odluka o upravljanju rizikom, određena ograničenja sposobnosti EFSA-e da dugoročno osigura dovoljni broj stručnjaka i u potpunosti uključi sve države članice u znanstvenu suradnju, dugotrajni postupci odobrenja u određenim sektorima.