Differences arose in those areas covered by the Directive on which Member States have either enacted additional legislation as for example, in extending the provisions of Directive 2009/41/EC to cover GM plants and animals, maintaining the requirements for notification for each Class 1 activity, or when they apply the provisions of 2009/41/EC as in requiring for all Classes, inactivation of waste before disposal or employing independent advisory scientific bodies for the assessment of notifications.
Razlike su nastajale u područjima obuhvaćenima Direktivom u kojima su države članice donijele dodatno zakonodavstvo, na primjer, proširenjem primjene odredaba Direktive 2009/41/EZ na genetski modificirane biljke i životinje, zadržavanje zahtjeva za prijavu svake aktivnosti razreda 1., ili u pogledu primjene odredaba Direktive 2009/41/EZ kada se za sve razrede traži inaktivacija otpada prije odlaganja ili kada se zapošljavaju neovisna savjetodavna znanstvena tijela za ocjenjivanje prijava.