Morgan alikufa mwaka 1588 kabla ya kazi yake kukamilika, lakini asili ilimaliza kile alichokuwa amefanya Jamaica ilipatwa na tetemeko kubwa la ardhi mwaka 1692, na Port Royal ilizama baharini, ikichukua hazina nyingi zilizokuwa zimeibiwa kutoka kwa Wahispania.
Alikufa kabla ya kumaliza kazi yake.