Kan'i-ji ilikuwa makao makuu ya nguvu hadi mwaka 1868, wakati ilipowa uwanja wa vita katika mapigano ya mwisho ya shogunate dhidi ya jeshi la kifalme na majengo mengi yaliharibiwa.
Majengo mengi ya Kan'eiji yalibomolewa mwishoni mwa karne ya 19.