San Juan pia ikawa kitovu cha Kanisa Katoliki la kueneza injili katika Ulimwengu Mpya; makanisa mengi, makao ya watawa, na makao ya watawa yalianzishwa kotekote katika kisiwa hicho ili kusaidia katika jitihada hiyo.
Kanisa Katoliki lina makao yake huko San Juan, Puerto Riko.