Mstari wa chini katika nave inaongoza chini ya crypt na kaburi la Mtakatifu Francisko, ambayo iligunduliwa tu katika 1818, karne baada ya kufichwa kutoka kwa waporaji wa Perugia.
Kaburi la Mtakatifu Francisko lilipatikana mwaka 1818 baada ya kufichwa.