Malaysia imegawanywa katika peninsula mbili kuu, zinazozungukwa na Thailand, Mlango-Bahari wa Melaka, na Bahari ya China Kusini, na Malaysia Mashariki, ambayo mikoa yake miwili, Sabah na Sawarak, iko kwenye kisiwa cha Borneo, karibu kilomita 800 (maili 500) katika Bahari ya China Kusini.
Malaysia ina kisiwa kinachoitwa Boreno.