पहिल्या पिढीतील अभ्यासक आणि थोर समाजसेवक सर रामकृष्ण गोपाळ भांडारकर यांच्या ऐंशीव्या वाढदिवसाचे औचित्य साधून त्यांच्या विद्यार्थ्यांनी आणि हितचिंतकांनी भांडारकर संस्थेची स्थापना केली. ६ जुलै १९१७ रोजी भांडारकर यांच्या सहस्रचंद्रदर्शनाचा योग साधून संस्था कार्यरत झाली. तत्कालीन मुंबई इलाख्याच्या ताब्यात असलेला हस्तलिखितांचा ठेवा १९१८ मध्ये संस्थेकडे देणगी म्हणून सोपविण्यात आला.

प्राच्यविद्येच्या क्षेत्रात काम करणाऱ्या जगभरातील संशोधकांच्या ज्ञानाची भूक भागविणाऱ्या भांडारकर प्राच्यविद्या संस्थेचा सुवर्णकाळ आता इतिहासबद्ध होत आहे. 'भांडारकर'मध्येच ग्रंथपाल म्हणून अर्धशतकाहून अधिक काळ काम पाहिलेले वा.ल. मंजुळ हा इतिहास लिहीत आहेत. २०१७ मध्ये संस्थेच्या शताब्दी महोत्सवापूर्वी हा इतिहास जगासमोर आणण्यासाठी ते प्रयत्नशील आहेत.

'भांडारकर'मध्ये झालेले संशोधनाचे कार्य, त्यामध्ये आपापला वाटा सक्षमपणे उचललेल्या व्यक्तींचे योगदान नव्या पिढीसमोर यावे, यासाठी हा इतिहास लिहिला जात आहे. 

संस्थेच्या स्थापनेसाठी 'आनंदाश्रमा'मध्ये झालेली बैठक, डॉ. रामकृष्ण भांडारकर, डॉ. नरहर सरदेसाई, डॉ. श्रीपाद बेलवलकर यांचे संस्थेच्या स्थापनेपासूनचे योगदान, संस्थेकडील हस्तलिखितांच्या संग्रहामध्ये होत असलेली प्रगती आणि त्याचे जतन करण्यासाठी होणारे प्रयत्न, संस्थेमध्ये कार्य करणाऱ्या सर्व ज्येष्ठ संशोधकांचे काम आणि त्यांच्याविषयीच्या आठवणींचा या इतिहासामध्ये समावेश होणार आहे. संस्थेमध्ये झालेल्या महाभारताची चिकित्सक आवृत्ती, धर्मशास्त्राचा इतिहास, महाभारताची स्वीकृत संहिता, महाभारताची श्लोक सूची, प्राकृत शब्दकोश अशा विविध संशोधन प्रकल्पांच्या कामांची पार्श्वभूमीही या इतिहासामध्ये समाविष्ट केली जाणार असल्याचे समजते. हे पुस्तक सुमारे तीनशे पानांचे असेल.

काही महत्त्वाच्या नोंदी

१९१६ : 'आनंदाश्रमा'मध्ये झालेली पहिली बैठक.

१९१७ : डॉ. भांडारकरांकडील साडेतीन हजार हस्तलिखितांच्या संग्रहातून संस्थेची स्थापना

१९१९ : 'भांडारकर'चेच अपत्य असलेल्या 'ऑल इंडिया ओरिएंटल कॉन्फरन्स'ची स्थापना आणि पहिली द्वैवार्षिक परिषद.

१९२० : डेक्कन कॉलेजमधील १८ हजार हस्तलिखितांचा भांडारकरच्या हस्तलिखितांमध्ये झालेला समावेश.

१९६५ : महाभारताच्या चिकित्सक आवृत्तीचे प्रकाशन

ग्रंथभांडार
इतिहास
प्राच्य विद्या परिषद
महाभारताची चिकित्सक आवृत्ती