७ जून १९६९ रोजी त्यांनी जनरल कुमारमंगलम यांच्याकडून सैन्यप्रमुख पदाची सुत्रे हाती घेतली. १९७१ च्या पूर्व पाकिस्तानातील घडामोडींनंतर भारतात मोठ्या प्रमाणावर निर्वासितांचा लोंढा येऊ लागल्याने माणेकशॉ यांचे सेनापतीपद कसाला लागले. या घडामोडींची परिणीती १९७१ च्या भारत-पाक युद्धात झाली. या युद्धात भारताने माणेकशॉ यांच्या नेतृत्वाखाली पाकिस्तानचा जबरदस्त पराभव केला व बांगलादेशाची निर्मिती केली. 

या युद्धात माणेकशॉ यांचे प्रभावी नेतृत्वाने तसेच अतिशय सजग युद्धनीतीने अमेरिकेचा पाठिंबा असूनही भारतीय सेनेने पाकिस्तानला पराभवाचे खडे चारले. याच घटनेने माणेकशॉ आज स्वतंत्र भारताचे सर्वोत्तम सेनानी मानले जातात.


१६ डिसेंबर १९७१ रोजी पाकच्या लेफ्टनंट जनरल अमीर अब्दुल्लाखान नियाझी यांनी भारत व बांगलादेशच्या संयुक्त सैन्याचे प्रमुख लेफ्टनंट जनरल जगजितसिंह अरोरा यांच्या समोर शरणागती पत्करली आणि बांगलादेशचे स्वातंत्र्ययुद्ध संपले. अर्थातच यानंतर युद्धात पकडण्यात आलेल्या पाकिस्तानी सैनिकांना भारतातील विविध लष्करी छावण्यांमध्ये ठेवण्यात आलं. या छावण्यांमध्ये युद्धकैद्यांची नीट काळजी घेत असली जात असे, युद्धकैद्यांना नियमानुसार मिळणाऱ्या सर्व सवलती दिल्या जात असत, भारतीय जवानांना मिळणाऱ्या रेशन एवढंच रेशन मिळत असे. तर मुस्लीम सणांच्या दिवशी ज्यादा धान्य दिले जात असे. पण तरीही कैद्यांना छावण्यांमध्ये कुठल्याही सोयीसवलती दिल्या जात नाही व अतिशय वाईट वागणूक दिली जाते असा खोटा प्रचार पाकिस्तानतर्फे करण्यात आला.
एकदा पाकचे लष्करप्रमुख जनरल टिकाखान यांच्याशी चर्चा करण्यास माणेकशॉ लाहोरला गेले होते. लाहोरच्या गव्हर्नरने माणेकशॉ यांच्या सन्मानार्थ मेजवानी दिली होती. भोजनानंतर तिथल्या कर्मचाऱ्यांनी माणेकशॉ यांची भेट घेतली. माणेकशॉ प्रत्येकाशी बोलत-हस्तांदोलन करत पुढे जात होते. अचानक त्यांच्यापैकी एका कर्मचाऱ्याने आपल्या डोक्यावरचा फेटा काढून त्यांच्या पायावर ठेवला. माणेकशांनी त्याला तसं करण्याचं कारण विचारलं असता तो म्हणाला-

ब्रिटीश भारतीय लष्कर व दुसरे महायुद्ध
१९७१ चे भारत-पाक युद्ध
निवृती नंतर
सुरवातीची वर्षे