రాజీవ్ గాంధీ మరణం తరువాత, సోనియా ప్రధానమంత్రి పదవిని నిరాకరించడంతో పి.వి.నరసింహారావు ను ప్రధానిగా పార్టీ పెద్దలు,  సోనియా నిర్ణయించారు. 1996లో కాంగ్రెస్ పార్టీ ఓడిపోయినపుడు  మాధవరావ్ సింధియా, రాజేష్ పైలట్, నారాయణ్ దత్ తివారీ, అర్జున్ సింగ్, మమతా బెనర్జీ, జి.కె.మూపనర్, పి. చిదంబరం, జయంతి నటరాజన్ వంటి సీనియర్ నాయకులు అప్పటి పార్టీ అధ్యక్షులు సీతారాం కేసరిపై బహిరంగ తిరుగుబాటు చేసి, కొందరు పార్టీ నుంచి  బయటకు వచ్చేసి, పార్టీ లో చీలికలు తెచ్చారు.

పార్టీని తిరిగి కలపడానికి, 1997లో సోనియా కలకత్తా ప్లీనరీ  సమావేశంలో ప్రాథమిక సభ్యత్వంతో మొదలు పెట్టి, 1998లో పార్టీ నాయకురాలిగా ఎదిగారు.

మే 1999లో ముగ్గురు సీనియర్ నాయకులు శరద్ పవార్, పి.ఎ.సంగ్మా, తారిక్ అన్వర్ లు సోనియాను ప్రధాని అవ్వమని సవాలు చేశారు. దానికి ఆమె పార్టీ సభ్యత్వానికి రాజీనామా చేస్తానని చెప్పారు. ఈ వివాదం తరువాత ఈ ముగ్గురు రెబెల్ నాయకులు పార్టీ నుంచి బయటకు వెళ్ళిపోయి నేషనలిస్ట్ కాంగ్రెస్ పార్టీని స్థాపించారు.

పార్టీ ప్రాథమిక సభ్యురాలిగా చేరిన 62 రోజుల్లోనే పార్టీ ఆమెను అధ్యక్ష పదవికి ఎన్నుకుంది. ఆ ప్రతిపాదనను ఆమె అంగీకరించి, పార్టీకి అధ్యక్షురాలిగా పనిచేశారు. 1999లో కర్ణాటక లోని బళ్ళారి, ఉత్తర్ ప్రదేశ్ లోని అమేధీ నియోజకవర్గాల నుంచి లోక్ సభకు ఎన్నికయ్యారు. రెండిటి నుంచీ గెలిచినా, అమేధీ నియోజకవర్గం నుంచే ప్రాతినిధ్యం వహించారు. బళ్ళారిలో ఆమె భాజపా నాయకురాలు సుష్మా స్వరాజ్ పై గెలుపొందారు.

రాజకీయ కెరీర్
కాంగ్రెస్ పార్టీ అధ్యక్షురాలిగా
ప్రతిపక్ష నేతగా
యూపీఏ అధ్యక్షురాలిగా