ముఖర్జీ 1995 లో విదేశీ వ్యవహారాల మంత్రిగా నియమింపబడ్డాడు. అతని నాయకత్వంలో ప్రధాని నరసింహారావు ప్రారంభించిన "లుక్ ఈస్ట్ ఫారిన్ పాలసీ"లో భాగంగా పశ్చిమాసియా దేశాల అసోసియేషన్ కు "పూర్తి సంభాషణ భాగస్వామి"గా తయారయ్యాడు. 1996లో అతను ఈ స్థానాన్ని విడిచిపెట్టాడు.

2006లో ముఖర్జీ రెండవ సారి ఈ పదవిని చేపట్టాడు. అతను అమెరికా సంయుక్త రాష్ట్రాల ప్రభుత్వంలో "యు.ఎస్-ఇండియా సివిల్ నూక్లియర్ అక్రిమెంటు" పై సంతకం చేసాడు. 2006 ఆగస్టులో మన్మోహన్‌ సింగ్‌ మాట్లాడుతూ, ఈ ఒప్పందం <nowiki>"</nowiki>పూర్తి స్థాయి పౌర అణు సహకారానికి<nowiki>"</nowiki> అంటే అణు ఇంధనం, అణు రియాక్టర్ల నుంచి ఉపయోగించిన ఇంధన రీప్రాసెస్‌ వరకూ అంటే పూర్తి స్థాయి అణు ఇంధన చక్రంలోని అన్ని అంశాలకు సంబంధించి హామీ కల్పిస్తుందని పార్లమెంటుకు హామీ ఇచ్చాడు. అయితే వాస్తవానికి, అటువంటి పూర్తి స్థాయి అణు సహకారానికి హామీ ఏమీ ఇవ్వలేదని సంతకాలు జరిగిన 123 ఒప్పందం ద్వారా స్పష్టమైంది. దానికి బదులుగా, పూర్తి స్థాయి అంతర్జాతీయ రక్షణలు వున్నప్పటికీ అణు సరఫరాదారుల గ్రూపుతో కలిసి అమెరికా <nowiki>"</nowiki>ఎన్‌రిచ్‌మెంట్‌, రీప్రాసెసింగ్‌ పరిజ్ఞానానికి<nowiki>"</nowiki> సంబంధించిన సాంకేతికతను భారత్‌కు ఎగుమతి చేయడాన్ని నిషేధించింది. సాంకేతిక పరిజ్ఞానం నిరాకరణ ఇలానే కొనసాగుతోంది. రక్షణ సహకార ఒప్పందం కింద కూడా సున్నితమైన అత్యున్నత సాంకేతిక పరిజ్ఞానంపై ఆంక్షలు తొలగింపచేయడంలో భారత్‌ విఫలమైంది.

2008 ముంబయి దాడుల తరువాత పాకిస్తాన్ పై ప్రపంచ అభిప్రాయాన్ని సమీకరించడంలో కీలక పాత్ర పోషించాడు. 

పురస్కారాలు
విదేశీ వ్యవహారాల మంత్రి
ప్రభుత్వ కార్యాలయాలు
ఇతర స్థానాలు