నికరాగువా సరస్సుపై వీచే పవనాలు ఋతువులను బట్టి, సరస్సుకు వున్న మండలాలను బట్టి మారుతూ వుంటాయి. కరేబియన్ సముద్రం నుండి వీచే ఈశాన్య వ్యాపార పవనాలు, ముందుగా నికరాగువా దేశపు తూర్పు తీరాన్ని తాకుతాయి. నికరాగువా సరస్సు యొక్క భౌగోళిక స్థానం కారణంగా ఈ పవనాలు సరస్సు పైనుండి సులభంగాను, నిరాఘాటంగాను ప్రయాణించి దేశ నైరుతి తీరానికి చేరతాయి. సరస్సు యొక్క ఉష్ణమండల శీతోష్ణస్థితిని కరేబియన్ సముద్రాలనుండి వీచే ఈ వ్యాపార పవనాలు కొంతవరకు ప్రభావితం చేస్తాయి. 

క్రమం తప్పకుండా వచ్చే అనూహ్యమైన, బలమైన తుఫానులకు ఈ సరస్సు ప్రసిద్ధి. డిసెంబరు-మార్చి నెలల మధ్య, ఈశాన్య వ్యాపార పవనాలు గంటకు 30 నుండి 40 కి.మీ. వేగంతో బలంగా వీస్తాయి. దీనివల్ల గ్రెనడా నుండి రైవాస్ వరకు వున్న తీరంలో పెద్ద పెద్ద అలలు ఏర్పడతాయి. ఇవి నౌకాయానానికి ఆటంకం కలిగించడమే కాక చాలా అసౌకర్యాన్ని కలిగిస్తాయి. మరోవైపు, ఈశాన్యం నుండి వీచే ఈ వ్యాపార పవనాలను ఈశాన్య పర్వత శ్రేణులు అడ్డగించడం వలన సరస్సు యొక్క ఈశాన్య తీరం మాత్రం చాలా ప్రశాంతంగా ఉంటుంది. సంవత్సరంలో మిగిలిన కాలమంతా ఈశాన్య వ్యాపార పవనాలు అస్థిరంగా వీస్తున్నప్పటికి, బలహీనంగా ఉంటాయి. దానివలన సరస్సు ఏ విధమైన అలజడులకు లోనవదు. ముఖ్యంగా వర్షాకాలంలో ఈ సరస్సు ఉపరితలం, తరుచుగా ప్రశాంతంగా నిర్మలంగా వుంటుంది. 

ఈశాన్యం నుండి నైరుతి దిశగా వచ్చే పవనాల వలన నిరంతరం చోంటలేస్ తీరం నుండి వృక్షజాలపు తెప్పలు రైవాస్ తీరం వరకు కొట్టుకు వస్తాయి. ఈ కారణం చేతనే ఒమేటెప్ ద్వీపం రైవాస్ తీరానికి చాలా దగ్గరగా ఉన్నప్పటికీ, ఈ ద్వీపం యొక్క వృక్ష, జంతు జాలాలు రైవాస్ కంటే చోంటలేస్ ప్రాంతంతోనే ఎక్కువ సన్నిహితంగా వుంటాయి. 

శాన్ జువాన్ లోయ మీదుగా వీచే వ్యాపార పవనాల ప్రభావం వలన ఈ సరస్సు లోని నీటిమట్టంలో ప్రతిరోజూ హెచ్చుతగ్గులు ఏర్పడుతున్నప్పటికి, నిజానికి ఈ సరస్సు అలలు (tides) లేనిదనే చెప్పాల్సివుంటుంది. సరస్సు నీటి మట్టంలో భేదం దైనికంగానే కాక సాంవత్సరికంగా కూడా కనిపిస్తుంది. వేసవి కాలంలో ముఖ్యంగా డిసెంబరు నుండి ఏప్రిల్ వరకు ఈ సరస్సు లోని నీటి మట్టం పడిపోతుంది. తిరిగి వర్షాకాలంలో అనగా మే నుండి అక్టోబరు వరకు సరస్సులోని నీటి మట్టం గణనీయంగా పెరుగుతుంది.

శీతోష్ణస్థితి-ఉద్భిజ్జ సంపద
చరిత్ర
కరేబియన్ బుల్ షార్క్ లు
పవన వ్యవస్థ