శాన్ అంటోనియో ఆర్ద్ర ఉపఉష్ణమండల వాతావరణ మండలం పడమటి తీరంలో ఉంది. దీని వాతావరణంలో వాయుమండలాన్ని అనుసరించి పొడిగా, తేమ మారి మారి వస్తుంటాయి . ఇక్కడి వేసవిలో ఉష్ణం, శీతాకాలంలోని చలి ఉత్తర మండలంలో వాతావరణం మారడానికి కారణం ఔతుంది. వసంతకాలం, హేమంతంలో సౌకర్యవంతమైన వెచ్చదనం, వర్షపాతం ఉంటుంది.

శాన్ అంటోనియో సుమారు ప్రతి సంవత్సరం 12 అర్ధ ఘనీభవ రాత్రులకు ఆతిథ్యం ఇస్తుంది. ప్రతిశీతాకాలంలో ఒక్క సారి హిమపాతం ఉంటుంది. అయినప్పటికీ కూడుకున్న మంచు సాధారణంగా ఉండదు. అనేక శీతాకాలాలు ఘనీభవ హిమపాతం లేకుండానే గడచి పోతుంటాయి. 122 సంవత్సరాల కాలంలో దాదాపు నాలు సంవత్సరాలకు ఒక సారి మాత్రమే 31 అంగుళాల హిమపాతం ఉన్నట్లు చెప్తున్నా ఈ హిమపాతాల మధ్య ఒక దశాబ్ధం కంటే అధికమైన కాలం గడచి పోతుంది. 1985 నగరంలో నమోదైన అధిక హిమపాతం 16 అంగుళాలు.

ఉత్తర అమెరికాలో అత్యంత వరద పీడిత ప్రదేశాలలో శాన్ అంటోనియో ఒకటి. సంయుక్త రాష్ట్రాల చరిత్రలో 1998 అక్టోబరులో సంభవించిన టెక్సస్ వరద అత్యంత ఖరీదైదిగా భావించబడుతుంది. దీని ఫలితంగా 750 అమెరికన్ డాలర్ల నష్టం 32 మంది దుర్మణం పాలవడం వంటివి సంభవించాయి. 2002 లో జూన్30 నుండి జూలై 7 వరకు శాన్ అంటోనియో నగరంలో 35 అంగుళాల వర్షపాతం సంభవించింది. ఫలితంగా వరద విస్తరణ, 12 దురదృష్ట మరణాలు సంభవించాయి.

2011 అక్టోబరులో నగర పరిమితులలో టొర్నాడో సంఘటనలు నమోదైనప్పటికీ అవి అరుదుగానే సంభవిస్తుంటాయి. ఎఫ్ 2 రక టొర్నాడోలు నగరానికి 50 మైళ్ళ పరిమితిలో సుమారు 5 సంవత్సరాలకు ఒక సారి మాత్రం సంభవిస్తుంటుంది. శాన్ అంటోనియో నగరానికి ఎఫ్ 4 రక టొర్నాడో అనుభమూ ఉంది. అందులో ఒకటి 1953 రెండవది 1973 లో సంభవించింది. 1953 టొర్నాడో సంఘటనలో ఇద్దరు మరణించారు. 15 గాయపడ్డారు.

శాన్ అంటోనియోలో జూలై, ఆగస్టు మాసాలలో అధిక ఉష్ణం ఉంటుంది. సరాసరి ఉష్ణోగ్రత 95° ఫారెన్ హీట్ (35°సెంటీ గ్రేడ్). ఇప్పటి వరకు నమోదైన అత్యధిక ఉష్ణోగ్రత 2000 సెప్టెంబరు 5న నమోదైన 111° ఫారెన్ హీట్ (44°సెంటీ గ్రేడ్) ల ఉష్ణోగ్రత. సరాసరి అతిశీతల మాసం జనవరి. 1949 జనవరి 31న అతి తక్కువ ఉష్ణోగ్రతగా 0 °ఫారెన్ హీట్ (−18 °సెంటీ గ్రేడ్). మే, జూన్, అక్టోబరు లలో 
అతి స్వల్పంగా హిమపాతం ఉంటుంది.

అంతర్యుద్ధం తరువాత
ప్రభుత్వం
ఆధిపత్య పోరు
వాతావరణం