బాబా మహిమల గురించి విస్తృతమైన నమ్మకాలు, వివాదాలు ఉన్నాయి. కొన్ని పుస్తకాలలోనూ, పత్రికా రచనలలోనూ, ఇంటర్వ్యూలలోనూ బాబా అనుచరులు బాబా మహిమల గురించీ, వ్యాధి నివారణ శక్తిని గురించీ తరచు ప్రస్తావించారు.
కొన్ని సార్లు భక్తుల అనారోగ్యాన్ని బాబా తాను గ్రహించినట్లుగా చెప్పబడుతున్నది.
అను నిత్యం బాబా విభూతిని, కొన్ని మార్లు ఉంగరాలు, హారాలు, వాచీల వంటి చిన్న వస్తువులనూ "సృష్టించి" భక్తులకు పంచిపెడతాడని చెబుతారు.

ప్రపంచ వ్యాప్తంగా భక్తుల ఇళ్ళలో బాబా పటాలు, పూజా మందిరాలు, విగ్రహాలు, పీఠాలనుండి విభూతి, కుంకుమ, పసుపు, పవిత్ర తీర్ధజలం, శివలింగాలు, చిన్న సైజు (ఇత్తడి, బంగారం) దేవతా మూర్తులు, ప్రసాదాలు (తినుబండారాలు), విలువైన మణులు, దారాలు వంటివి లభించడం జరుగుతున్నట్లు అనేక కథనాలున్నాయి.

ఐస్లాండ్కు చెందిన మనో విజ్ఞాన శాస్త్రవేత్త 'నియంత్రిత పరిస్థితులలో' బాబాను అధ్యయనం చేయడానికి ప్రయత్నించాడు కాని అందుకు అనుమతి లభించలేదు. అయినా ఆ శాస్త్రవేత్త బాబా మహిమలగురించి విస్తృతంగా ఇతరులను ఇంటర్వ్యూ చేసి అధ్యయనం చేసి తన పరిశోధనలను ప్రచురించాడు. భక్తులనూ, పూర్వ భక్తులనూ ఇంటర్వ్యూ చేయడం ద్వారా అతనికి అనేక అసాధారణ విషయాలు తెలియవచ్చాయి. బాబా గాలిలో తేలిపోవడం, ఒకచోటనుండి మరోచోట ప్రత్యక్షం కావడం, అదృశ్యం కావడం, రాతిని మిఠాయిగా మార్చడం, నీటిని మరో పానీయం లేదా పెట్రోలుగా మార్చడం, అడిగిన వస్తువులు సృష్టించి ఇవ్వడం, తన దుస్తుల రంగు ఒక్కసారిగా మార్చడం, వ్యాధి నివారణ, కొంత ఆహారాన్ని అధికంగా చేయడం, అనూహ్య దృశ్యాలు, స్వప్నాలు, ఒక చెట్టుపై మరొక కాయలు కాయించడం, ప్రకృతిని నియంత్రించడం, వివిధ దేవతా మూర్తులుగా దర్శనమివ్వడం, తేజోవంతమైన కాంతిని వెదజల్లడం - ఇటువంటి మహిమలు తమ స్వానుభవంగా కొందరు భక్తులు చెప్పారు.. ఈ సంఘటనలలో కొన్ని బైబిల్ క్రొత్త నిబంధనలో యేసుక్రీస్తు కనబరచిన మహిమలను పోలి ఉన్నాయి. అయితే యేసుక్రీస్తు జీవిత కథలో వ్యాధి నివారణ ఒక ముఖ్యమైన మహిమ. బాబా కూడా వ్యాధులు నివారించినట్లు కొందరి అనుభవాలుగా చెప్పబడినా గాని బాబా మహిమలలో ఈ అంశం అంత ప్రముఖమైనదిగా చెప్పబడడం లేదు. 

ఈ విధమైన ఘటనలు దివ్య కార్యాలని బాబా చెప్పాడు కాని వాటిని గురించి శాస్త్రీయమైన ప్రయోగ పరిశోధనలు చేయాలన్న శాస్త్రజ్ఞుల కోరికలను తిరస్కరించాడు. ఈ 'మహిమలు' చేతివాటం పనులని విమర్శకులు తరచు అంటూ వచ్చారు. ఏప్రిల్ 1976లో బెంగళూరు విశ్వ విద్యాలయం అప్పటి వైస్ చాన్సలర్, భౌతిక శాస్త్రవేత్త, హేతువాది అయిన డా. హెచ్.నరసింహయ్య "మూఢ నమ్మకాలను, మహిమలను హేతుబద్ధంగా పరిశోధించే సంస్థ"ను స్థాపించాడు. నియంత్రితమైన (ప్రయోగానుకూలమైన) పరిస్థితులలో తన మహిమలను చూపమని ఈ కమిటీ బాబాకు మర్యాదపూర్వకంగా లేఖ వ్రాసింది. ఆ పై మరో రెండు లేఖలు వ్రాసినా బాబా స్పందించలేదు.. వారి విధానం అనుచితంగా ఉన్నదని బాబా అన్నాడు. "ఇంద్రియాలకు లోబడేది విజ్ఞాన శాస్త్రం. అతీంద్రియమైనది ఆధ్యాత్మికం. ఆధ్యాత్మిక సాధన ద్వారానే దానిని తెలుసుకోవచ్చును. విశ్వంలో అద్భుతాలలో కొద్ది విషయాలను మాత్రమే విజ్ఞానశాస్త్ర్రం వెలిబుచ్చగలిగింది" - అని బాబా అన్నాడు. "ఈ కమిటీ ప్రతికూల భావాలూ, ఈ పనికి వారిచ్చిన ప్రచారమూ, సాయిబాబా పట్ల వారికున్న వ్యతిరేక భావమూ స్పష్టంగా ఉన్నాయి. కనుక కమిటీ ప్రయత్నాలు ముందుకు సాగలేదు అని హెరాల్డ్సన్ వ్రాశాడు. తమ అభ్యర్ధనకు సాయిబాబా మిన్నకుండడాన్నిబట్టి బాబా మహిమలు బూటకమని తేలుతున్నదని నరసింహయ్య అన్నాడు. మొత్తానికి వార్తా పత్రిలలో ఈ విషయమై చాలా కాలం వాద ప్రతివాదాలు నడచాయి. నరసింహయ్య స్థాపించిన కమిటీ 1977లో రద్దయ్యింది.

1992లో కెనడా దేశపు అసమ్మతి వాది డేల్ బేయర్స్టీన్ సాగించిన అధ్యయనం ద్వారా బాబాకు అతీంద్రియ శక్తులున్నాయన్న కథనాలలో వాస్తవం లేదని తెలుస్తున్నది- అని బాబా విమర్శకులలో ఒకడైన అలెక్జాండ్రా నగెల్ 1994లో ఒక వ్యాసంలో పేర్కొన్నాడు - .
1995 లో ""Guru Busters"", అనే యు.కె. "ఛానల్-4" టెలివిజన్ కార్యక్రమంలో బాబా మహిమలను మోసాలుగా చూపే విడియోటేపును ప్రదర్శించారు. తరువాత ఈ విడియోటేపులను ప్రత్యేక నిపుణులతో విశ్లేక్షణ చేయించారు కాని "మోసం" అని ధ్రువీకరించే ఏ విధమైన ఆధారాలు నిపుణులకు లభింపలేదు.

2000 డిసెంబరు ఇండియా టుడే పత్రికలో ఐంద్రజాలికుడు పి.సి.సర్కార్ జూనియర్ బాబా చేసేవన్నీ మోసాలు అని ఆరోపించాడు..
అలాగే బసవ ప్రేమానంద్ అనే ఔత్సాహిక ఐంద్రజాలికుడు బాబా ఒక కపటి అని ఆరోపించాడు. బంగారు వస్తువులు సృష్టిస్తున్నట్లు చెప్పుకొన్నందున బాబా "గోల్డ్ కంట్రోల్ చట్టాన్ని" ఉల్లంఘిస్తున్నాడని 1986లొ బాబా పై వ్యాజ్యం కూడా దాఖలు చేశాడు. ఈ కేసు కొట్టివేయబడింది. కాని అతీంద్రియ శక్తి చట్టప్రకారం గుర్తించబడలేదని మళ్ళీ ప్రేమానంద్ అప్పీలు చేశాడు.

బాబా చూపే కొన్ని "మహిమ"లను తాను కూడా చేయగలనని 2004లో "Secret Swami" అనే బి.బి.సి. కార్యక్రమంలో చెప్పాడు (చేతివాటం ద్వారా కొన్ని వస్తువులు తెప్పించడం, నోట్లోంచి ఒక లింగం తీయడం వంటివి). అయితే కొందరు బాబా విమర్శకులు కూడా బాబాకు కొన్ని అసాధారణ శక్తులున్నాయని అంగీకరిస్తున్నారని అదే కార్యక్రమంలో చెప్పబడింది.

సత్యసాయిబాబా 1971లో "వాల్టర్ కొవాన్"ను పునరుజ్జీవింపజేశాడని కథనం ఉంది. ఇది నమ్మదగినదిగా అనిపించడంలేదని బ్రిటిష్ పాత్రికేయుడు మిక్ బ్రౌన్ తన 1998 రచన "The Spiritual Tourist"లో పేర్కొన్నాడు.

లండన్ లో బాబా పటాలనుండి విభూతి రాలడం గురించి కూడా అదే పుస్తకంలో మిక్ బ్రౌన్ చర్చించాడు. ఈ కథనాలలో ఏమీ మోసం గాని, వాటం గాని లేవని అతను అభిప్రాయపడ్డాడు. బాబా సర్వజ్ఞుడనే భావాలగురించి మిక్ బ్రౌన్ చెప్పినది - "బాబా చెప్పిన భవిష్యత్ విషయాలు, బైబులులో చెప్పిన భవిష్యత్ విషయాలు, అసలు జరిగిన విషయాలు - వీటిని skeptics పరిశీలించి ఆయా విషయాలలో పొంతన లేకపోవడం గురించి స్పష్టంగా వ్రాశారు."

అక్టోబరు 2007లో సత్యసాయిబాబా తాను చంద్రునిలో "విశ్వరూపం" చూపుతానని అన్నాడు. వేలాది జనం ఆశ్రమంలో గుమికూడారు. బాబా కూడా అక్కడికి వచ్చి ఒక గంట ఉండి వెళ్ళిపోయాడు. ఏమీ జరుగలేదు.

మహిమలు
సంస్థలు
సాయిబాబా భక్తుల నమ్మకాలు, ఆచారాలు
సత్య సాయిబాబా ఎవరు?