జపాన్ సముద్రం యొక్క నిమ్నోన్నత స్వరూపం ఖండ తీరం, ఖండ తీరపు అంచు (Continental Shelf), ట్రెంచ్ లు, సముద్ర అంతర్గత పర్వతాలు (Sea Mountains), రిడ్జ్ లతో కూడివుంది.

జపాన్ సముద్రపు తూర్పు తీరంలో, ఖండతీరపు అంచు ఎక్కువ వెడల్పుతో విస్తారంగా వుంటుంది. కాని పశ్చిమ తీరంలో ముఖ్యంగా కొరియా తీరం ఇరుకుగా వుండి సగటున సుమారు 30 కిలోమీటర్ల వెడల్పు మాత్రమే కలిగి వుంటుంది. జపాన్ సముద్రపు ఖండ తీరపు అంచులో ఆయిల్, సహజ వాయువు, మాగ్నటైటు ఇసుక వంటి ఖనిజ నిక్షేపాలు ఉన్నాయి. సముద్రానికి తూర్పున వున్న జపాన్ దీవుల తీరం కూడా సమతలంగాను, తక్కువ ఖండతీరపు వాలుతో వుంటుంది. కాని పశ్చిమ తీరంలో ముఖ్యంగా కొరియా తీరంలో ఖండ తీరం నిట్రం (steep slope) గాను, ఎగుడుదిగుడులతోను, రాతిమయం గాను ఏర్పడింది.

గతంలో మంచు యుగం ఉచ్ఛ స్థితిలో వున్నప్పుడు సముద్ర జలమట్టం ప్రస్తుతమున్న సముద్రమట్టాలకంటే తక్కువగా వుండేది. ఆ సమయంలో జపాన్ దీవులు ఆసియా ప్రధాన భూభాగంతో కలిసిపోయి వుండేవని, ఆ విధంగా కలసిపోయినప్పుడు జపాన్ సముద్రం ఒక భూపరివేష్టిత సముద్రంగా (ప్రస్తుత కాస్పియన్ సముద్రం వలె) వుండేదని భూగర్భ శాస్రవేత్తలు భావిస్తున్నారు.

జపాన్ సముద్ర గర్భంలో ఏర్పడిన సీ మౌంటైన్స్ లలో యమాటో, కిటా-ఒకిలు ముఖ్యమైనవి. ట్రెంచ్ లలో ఒకి ట్రెంచ్ (గరిష్ఠ లోతు 3699 మీ.), హోన్షు ట్రెంచ్ (3063 మీ.), సుషిమా ట్రెంచ్ (2300 మీ.) లు ముఖ్యమైనవి.

జపాన్ సముద్రపు బేసిన్ సినోజోయిక్ మహా యుగంలో ఏర్పడింది. ఖండ భాగాలు దూరంగా జరుగుతూ, ఆసియా ప్రధాన ఖండం నుండి విడిపోవడంతో ఇది ఏర్పడింది. జపాన్ సముద్రాన్ని మూడు ప్రధాన బేసిన్ లుగా విభజించవచ్చు. అవి యమాటో బేసిన్, జపాన్ బేసిన్, సుషిమా బేసిన్. వీటిలో యమాటో బేసిన్ లోతు తక్కువ. జపాన్ బేసిన్ లోతైనది. సుషిమా బేసిన్ లోతు సమతలంగా వుంటుంది. 
యమాటో బేసిన్ (Yamato Basin) ఆగ్నేయంగా విస్తరించి ఉంది. ఇక్కడ సముద్ర జలాల లోతు తక్కువ. సముద్ర మట్టం నుండి 285 మీటర్ల లోతు లోపలనే సముద్రపు అడుగు భాగం కనిపిస్తుంది. <br> 
జపాన్ బేసిన్ (Japan Basin) : ఉత్తరంగా విస్తరించి ఉంది. చాలా లోతైనది. పురాతనమైనది. జపాన్ ద్వీప వక్రతకు వెనుక భాగంలో అనగా జపాన్ ద్వీప వక్రతకు ఖండాలకు మధ్యన స్పష్టంగా విస్తరించిన ‘జపాన్ బేసిన్ ’ బ్యాక్ ఆర్క్ బేసిన్ అవుతుంది. పురాతనమైన ఈ జపాన్ బేసిన్ అడుగుభాగం రిడ్జ్ లతోను బసాల్ట్ శిలలను విస్తారంగా కలిగివుంది. ఇది అక్రియాశీలక తరగతి (Non active) కి చెందినది. <br> 
సుషిమా బేసిన్ (Tsushima Basin) : నైరుతిగా విస్తరించి ఉంది. కొరియా జలసంధి సమీపంలో ఈ బేసిన్స సమతలంగా విస్తరించింది. దీనినే కొరియాలో అలాంగ్ బేసిన్ (Ulleung Basin) అని పిలుస్తారు.

సముద్ర జల వ్యవస్థలు
జలసంధులు
వీటిని కూడా చూడండి
సముద్ర జలాంతర్గత నిమ్నోన్నతాలు (Submarine relief)