వాజపేయి 2001 లో మోకాలి మార్పిడి శస్త్రచికిత్సను బ్రీచ్ కాండీ వైద్యశాల, ముంబైలో చేయించుకున్నాడు. 2009లో స్ట్రోక్ కారణంగా పక్షవాతానికి గురై, మాట క్షీణించింది. ఆయన ఆరోగ్యపరిస్థితి మూలంగా తరచుగా వీల్ చైర్ కు పరిమితమై, మనుషులను గుర్తించలేని స్థితికి చేరాడు. ఆయన దీర్ఘకాలిక మధుమేహంతో పాటు డిమెంటియా వ్యాధితో బాధపడ్డాడు. జీవిత చరమాకంలో ఆయన ఏ బహిరంగ సమావేశంలోనూ హాజరు కాలేదు. అప్పుడప్పుడు వైద్య సేవల కోసం ఆల్ ఇండియా ఇనిస్టిట్యూట్ ఆఫ్ మెడికల్ సైన్సెస్ కు వెళ్ళటం మినహాయించి బయటికి ఎక్కడికి వెళ్ళలేదు.ఆయన అనారోగ్యంతో ఉండగా ఆరు దశాబ్దాలుగా ఆయన స్నేహితుడైన ఎన్.ఎం.ఘటాటే, అద్వానీ, బి.సి.ఖండూరీ మొదలైన వారు ఆయన్ను తరచూ సందర్శించే వారు. వారు ఆయన పక్కన కూర్చోవటానికి, ఆయన అరోగ్య విషయాల గురించి వాజపేయి కుమార్తెను వాకబు చేయటానికీ వెళ్ళేవారు. భారత మాజీ ప్రధాని డా. మన్‌మోహన్ సింగ్ ఆయన ఆరోగ్యం గూర్చి తరచుగా తెలుసుకొనేవాడు. ఆయన ప్రతి పుట్టినరోజు న స్వయంగా కలిసి శుభాకాంక్షలు అందజేసేవారు.. 2018 ఆగస్టు 16 న సాయంత్రం 5:05 కు అటల్ బిహారీ వాజపేయి ఢిల్లీలో మరణించాడు.

తరువాత జీవితం
కార్గిల్ యుద్ధము
ఆరోగ్య సమస్యలు
తొలి పర్యాయం: మే 1996