1996 నుండి 1998 ల మధ్యన రెండు యునైటెడ్ ఫ్రంట్ ప్రభుత్వాలు పడిపోయిన తరువాత, లోక్‌సభ రద్దై, మధ్యంతర ఎన్నికలు జరిగాయి. 1998 లో జరిగిన సార్వత్రిక ఎన్నికలలో బి.జె.పి అన్ని పార్టీల కంటే అత్యధిక స్థానాలను కైవసం చేసుకుంది. ఈ కాలంలో భావసారూప్యత కలిగిన పార్టీలన్ని బి.జె.పిలో కలిసి నేషనల్ డెమోక్రటిక్ అలయన్స్గా యేర్పడ్డాయి. వాజపేయి రెండవసారి ప్రధానమంత్రిగా బాధ్యతలు నిర్వహించాడు.

ఎన్.డి.ఏ పార్లమెంటులో తన మెజారిటీని నిరూపించుకుంది. ఈ ప్రభుత్వం 13 నెలల కాలం అనగా 1999 మధ్య వరకు కొనసాగింది. సంకీర్ణ ప్రభుత్వంలో భాగస్వామైన, జయలలిత నాయకత్వంలోని ఆలిండియా అన్నా ద్రవిడ మున్నేట్ర కళగం (ఏ.ఐ.ఏ.డి.ఎం.కె) పార్టీ మద్దతు ఉపసంహరించిన కారణంగా ఈ ప్రభుత్వం మెజారిటీని కోల్పోయింది. 1999 ఏప్రిల్ 17 లో జరిగిన విశ్వాస పరీక్షలో ఒక ఓటుతో ఓడిపోయింది. విపక్షాలలో ఎవరూ ప్రభుత్వం యేర్పాటుకు అవసరమైన స్పష్టమైన మెజారిటీని కలిగి యుండనందున మరలా లోక్ సభ రద్దయినది. మరలా ఎన్నికలు జరిగాయి. ఎన్నికలు జరిగేంత వరకూ వాజపేయి ప్రధానమంత్రిగా కొనసాగాడు.

ఇండియన్ ఎయిర్‌లైన్స్ విమానం హైజాక్
2001 పార్లమెంటు దాడి
ప్రారంభ రాజకీయ జీవితం (1942–1975)
రెండవ పర్యాయం: 1998–1999