జపాన్ సముద్రం దాదాపుగా భూ పరివేష్టిత సముద్రంగా వుండటం, విభిన్నమైన మూడు ప్రధాన సముద్ర బేసిన్లు కూడివున్న కారణంగా ఈ సముద్రంలో మూడు విభిన్న జలరాశులు (water masses) ఏర్పడతాయి. వేసవికాలంలో అధిక వాయు ఉష్ణోగ్రతల కారణంగా ఈ సముద్ర ఉపరితల జలాలు బాగా వేడెక్కుతాయి. దీని వల్ల ఉపరితల జలరాశి (Surface water masses) కి మధ్య జలరాశి (Middle water masses) ల యొక్క నీటి పొరలను వేరు చేస్తూ అధిక ఉష్ణోగ్రత, అధిక లవణీయత లతో కూడిన ఒక విభిన్నమైన ఉష్ణోగ్రతా ప్రవణత (Thermal gradient) ఏర్పడుతుంది. ఈ మధ్య జలరాశికి మూలస్థానం శీతాకాలంలోను, వసంతకాలంలోను క్యుషు దీవి తీర సమీపంలో ప్రవేశిస్తున్న సుషిమ కవోష్ణ సముద్ర ప్రవాహం యొక్క మధ్యంతర నీటి పొరలలో ఉంది. మూడవది అయిన లోతైన జలరాశి (deep water masses) ముఖ్యంగా ఫిబ్రవరి, మార్చి నెలలలో ఏర్పడుతుంది. ఈ నెలలలో జపాన్ సముద్రపు ఉత్తర భాగంలో గడ్డకట్టుకుపోయే అతిశీతల పరిస్థితులు ఏర్పడటంతో లోతైన జలరాశి ఏర్పడుతుంది. ఈ జలరాశి ఉష్ణోగ్రతలు 0C నుండి 0.5 C కనిష్ఠం వరకూ చేరుకొంటాయి. ఈ అతిశీతల జలరాశి వల్ల నీటిలో కరిగివున్న ఆక్సిజన్ శాతం బాగా పెరుగుతుంది. ఫలితంగా జపాన్ సముద్రంలో మత్స్య ఉత్పాదకత అధికంగా పెరగడానికి అనువైన పరిస్థితులు ఏర్పడతాయి.

వివిధ పేర్లు
అఖాతాలు (Bays) , గల్ఫ్ (Gulfs)
సముద్ర జల రాశులు (Water masses)
ఖనిజ వనరులు