ఆలయం నిర్వహణ, పరిపాలన చేసేది చిదంబరం దీక్షితార్ అనువంశీయులు - వైదిక బ్రాహ్మణులలోని ఒక తరగతి వారు, ప్రముఖులు చెప్పినదాని ప్రకారం, ముఖ్యంగా చిదంబరం ఆలయం లోని రోజువారి ఆచార వ్యవహారాలకు, నిర్వహణ కొరకు, వారిని పుణ్య పురుషుడైన పతంజలి, కైలాస్ మఠం నుంచి ఇక్కడకు తీసుకు వచ్చారు.

దీక్షితార్ల సంఖ్య 3000 వుండవలసినది ( 2999 కచ్చితంగా, భగవంతునితో కలిపి మొత్తం 3000), వారిని తిల్లై మూవయరం అని పిలుస్తారు. ప్రస్తుతం వారి సంఖ్య సుమారు 360. పరమేశ్వరుని పూజించే విషయంలో ఈ దీక్షితార్లు వైదిక క్రతువులను పాటిస్తారు, శివచారియర్స్ లేదా ఆధిశైవర్స్ ఆగమ క్రతువులను పాటిస్తారు. ఆలయంలో పాటించే క్రతువులు వేదాల నుంచి తీసుకున్నారు, వాటిని ఏర్పరచినది పతంజలి, పరమేశ్వరుని, నటరాజ స్వామిగా ఆరాధించమని దీక్షితార్లను ఏర్పరచినది ఆయనే అని చెప్పబడుతుంది.

సాధారణంగా, వివాహం అయిన దీక్షితార్ల వంశములోని పురుషులకు, ఆలయంలోని క్రతువులను నిర్వహించే అవకాశం వరుసలో వస్తుంది, ఆరోజుకు వారే ప్రధాన అర్చకులు. వివాహమైన దీక్షితార్లకు ఆలయ ఆదాయంలో భాగం లభిస్తుంది. ఆలయానికి వున్న దరిదాపు సారవంతమైన భూమి మాన్యాన్ని, శతాబ్దాలుగా వివిధ రాజులు పోషిస్తూ వచ్చారు, ప్రస్తుతం మాన్యాన్ని, దాదాపుగా స్వంత వ్యక్తులే నిర్వహిస్తున్నారు.

ఆ రోజుకి ప్రధాన అర్చకుడుగా వున్న వ్యక్తి, తనను తాను పరిశుభ్రం చేసుకొనే క్రతువులను పాటించి, తనను తాను శివునికి అర్పించు కొంటున్నాను అనే భావంతో, ఆలయ ప్రవేశం చేసి, రోజువారి క్రతువులను చేయాలి. రోజు ప్రారంభంలో, స్వామి పాదుకలను పల్లియరై (లేదా శయన మందిరం) నుంచి ఉదయం 7 గంటలకు గర్భ గుడికి, భక్తుల మేళతాళాలతో పల్లకిలో తీసుకు వస్తారు. పూజారి రోజువారి క్రతువులను యజ్ఞంతో, 'గోవు పూజతో' (ఆవును, దూడతో సహా పూజించడం) ప్రారంభిస్తారు.

రోజుకి 6 సార్లు పూజ చేస్తారు. ప్రతి పూజకి ముందు, స్ఫటిక లింగం - 'ఆరు ఉరువ' లేదా పరమ శివుడి యొక్క అర్ధరూప స్థితికి నెయ్యి, పాలు, పెరుగు, బియ్యం, గంధం, భస్మంతో అభిషేకిస్తారు. దీని తరువాత స్వామికి నైవేద్యం సమర్పించి, వేద మంత్రోచ్చారణల మధ్య, పంచపురాణం (పన్నీరు తిరుమురై అని పిలువబడే తమిళంలోని 12 రచనల నుంచి తీసిన 5 పద్యాలు) చదువుతూ, వివిధ రకాల అలంకారం చేసిన దీపాలతో, దీపారాధన చేస్తారు. పూజారి గర్భగుడి యొక్క తెరను లాగి చిదంబర రహస్యాన్ని వెల్లడి చేయుటతో పూజ ముగుస్తుంది.

2వ పూజకి ముందు, క్రమం తప్పకుండా చేసే స్పటిక లింగ అభిషేకం కాకుండా, రత్న నటరాజ విగ్రహానికి (రతినసభాపతి) కూడా అభిషేకం చేస్తారు. 3వ పూజ సుమారుగా 12.00 గంటలకు ఉండగా, దాని తరువాత ఆలయం మధ్యాహ్నం 4:30pm వరకు మూసి ఉంచుతారు. 4వ పూజ 6.00pm కి చేస్తారు, 5వ పూజ 8:00pm, చివరి పూజ 10:00pm కి చేస్తారు, దాని తరువాత స్వామి యొక్క పాద రక్షలను ఆ రాత్రికి 'శయనించుటకు' ఊరేగింపుగా తీసుకు వెళతారు. రాత్రి చేసే 5వ పూజకి ముందు, పూజారి చిదంబర రహస్యంలోని యంత్రానికి సుగంధ ద్రవ్యాలతో అభిషేకం చేసి నైవేద్యం సమర్పించటం వంటి కొన్ని ప్రత్యేక క్రతువులను చేస్తాడు.

చిదంబరంలో, రోజులో చేసే చివరి పూజని అర్థజామ పూజ అని అంటారు, దీనిని అత్యంత భక్తిశ్రద్ధలతో చేస్తారు. రాత్రికి శయనించేటపుడు స్వామిలోకి విశ్వంలోని సమస్త దివ్య శక్తులు వచ్చి శయనిస్తాయని నమ్ముతారు.

ఈ ఆలయాన్ని తమిళనాడు ప్రభుత్వం T.N. HR & CE చట్టం యొక్క సెక్షన్ 45 క్రింద తన ఆధీనంలోకి తీసుకొంది.
అయితే, పొదు దీక్షితార్లు దీనిని ప్రతిఘటించారు. మద్రాస్ హైకోర్టు 1951లో పొదు దీక్షితార్లను మతపరంగా ఒక వర్గమని గుర్తించింది. భారత రాజ్యాంగం యొక్క 26వ అధికరణం, T.N.HR & CE చట్టం యొక్క 107 సెక్షన్ ప్రకారం మతపరమైన వర్గాల యొక్క పాలనలోకి మధ్యవర్తిత్వం నిషేధించడమైనది కనుక ఈ వర్గానికి తమ పాలనను కొనసాగించే అర్హత ఉన్నదని విచారణలో తేలింది. ఈ వ్యాజ్యం ప్రస్తుతం (ఏప్రిల్ 2010) సుప్రీం కోర్టు ముందర ఇంకా జరుగుతూ ఉంది. HR & CE కమీషనర్ నియమించిన కార్యనిర్వాహక అధికారికి బాధ్యతలను అప్పగించటానికి పొదు దీక్షితార్లు నిరాకరించారు. ఆలయ నిబంధనలకు విరుద్ధంగా ఆలయంలో కార్యనిర్వాహక అధికారి హుండీలను ఏర్పాటు చేసాడు. అతను ఎత్తైన ఆధునిక దీపాలను కూడా ఈ స్థలంలో ఏర్పాటు చేశాడు. అతను అర్చన టిక్కెట్లు, దర్శన టిక్కెట్లను ప్రవేశ పెట్టుటకు ఆలోచన చేస్తున్నాడు. ఇట్టి చర్యలు అన్నింటినీ పొదు దీక్షితార్లు, భక్తులు వ్యతిరేకిస్తున్నారు. అయితే, నిత్య క్రతువుల యొక్క నిర్వహణని ఇంకా దీక్షితార్లు కొనసాగిస్తున్నారు.

ఆలయ భక్తులు
ఇతర విగ్రహాలు
ఆలయ పరిపాలన , రోజువారి క్రతువులు
ఆలయం చుట్టుపక్కలలోని జలాశయాలు