1994 లో మండేలా 77 సంవత్సరాల వయసులో అధ్యక్ష పదవిని చేబట్టి ఆ పదవిని అలంకరించిన వారిలో అతి పెద్ద వయస్కుడయ్యాడు. రెండవసారి మరలా ఎన్నికల్లో పోటీ చేయరాదని నిశ్చయించుకున్నాడు. 1999లో పదవీ విరమణ చేశాడు. ఆయన తరువాత థాబో ఎంబెకీ ఆ పదవిని స్వీకరించాడు.

జూలై 2001లో మండేలాకు ప్రోస్టేట్ క్యాన్సర్ వ్యాధి ఉన్నదని నిర్ధారించబడింది. రేడియేషన్ వైద్యం చేశారు. 
జూన్ 2004లో తాను పబ్లిక్ జీవితం నుండి విరమిస్తున్నట్లుగాను, అధికంగా కుటుంబంతో గడపదలచుకొన్నట్లుగాను మండేలా ప్రకటించాడు. కాని పూర్తిగా సమాజంనుండి దూరంగా ఉండలేదు. "My appeal therefore is: Don't call me, I will call you." 2003 తరువాత తన సాంఘిక కార్యక్రమాలను మండేలా బాగా తగ్గించుకొన్నాడు. పైబడుతున్న వయసు కారణంగా అతని ఆరోగ్యం కొంత క్షీణించింది. 2003లో మండేలా మరణం గురించిన సంతాపవార్త పొరపాటున సి.ఎన్.ఎన్. వారి వెబ్సైటులో ప్రచురింపబడింది. వారు మండేలా వంటి ప్రముఖుల మరణవార్తల సందేశాలను ముందుగా వ్రాసి ఉంచుకుంటారు.

వజ్రాల వాణిజ్యంపై వివాదం
పదవీ విరమణ, అనంతరం
సామాజిక కార్యాలు
ఆరోపణలు