ఈ సరస్సు ఆవిర్భావ మూలాలు ప్రధానంగా టెక్టోనిక్, అగ్నిపర్వత కారణ సంబందమైనవి. టెక్టోనిక్ ప్రభావ కారణంగా మధ్య అమెరికా భూభాగం లోని గల్ఫ్ అఫ్ ఫోన్సెకా నుండి లిమోన్ (కోస్టారికా) వరకు వ్యాపించి వున్న ఒక విస్తృత ప్రాంతం గ్రాబెన్ (Graben) విన్యాసంలో కుంగుబాటు (depression) కు గురయ్యింది. ఇలా కుంగుబాటుకు గురైన ప్రాంతం క్రమేణా ఒక లోతైన బేసిన్ మాదిరిగా మారింది. సుదీర్ఘ కాలంపాటు కొనసాగిన అగ్నిపర్వత విస్ఫోటనాల వలన ఈ లోతైన బేసిన్ లోని భూమి లావాతో నిండిపోయిందని శాస్త్రవేత్తలు భావిస్తున్నారు. ఈ లోతైన బేసిన్ లోనే మనాగువా, నికరాగువా మంచినీటి సరస్సులు ఏర్పడ్డాయి. సరస్సు తీరం, అడుగుభాగాలలో బసాల్ట్, ఆండిసైట్ వంటి అగ్ని శిలలు (volcanic rocks) విస్తృతంగా ఏర్పడ్డాయి. ఈ శిలలు సరస్సు జలాలతో రసాయనిక సంయోగం చెందుతూ వున్న కారణంగా, ఇక్కడి జలాలలో మెగ్నీషియం, పొటాషియం తదితర లవణాలు అధికంగా కనిపిస్తాయి. 

పసిఫిక్ మహాసముద్రంలో భాగంగా, దాని అంచున ఏర్పడిన ఒక పెద్ద అఖాతమే నికరాగువా సరస్సుగా పరిణామం చెందినదని ఒకప్పుడు కొందరు పురావస్తు శాస్త్రవేత్తలు భావించారు. వీరి ప్రకారం మొదట్లో పసిఫిక్ మహాసముద్రం వెంబడి దాని తీరంలో ఒక అఖాతం ఉండేది. ఈ అఖాతం క్రమేణా ఫసిఫిక్ నుండి విడిపోయి ఒక భూపరివేష్టిత మహా సరస్సుగా మారింది. ఈ మహా సరస్సు ప్రాంతం క్రమంగా మనగువా, నికరాగువా అనే రెండు సరస్సులుగా విడిపోయింది. తరువాత ఈ రెండు సరస్సులను టిపిటాపా నది అనుసంధానించింది. ఉప్పునీటి సరస్సులుగా వున్న ఈ రెండు సరస్సులు సముద్రం నుండి వేరుపడిన తరువాత క్రమేణా మంచినీటి సరస్సులుగా మార్పు చెందాయి. ఈ క్రమంలో భాగంగా ఇక్కడి సరస్సుల లోని ఉప్పునీరు క్రమంగా మంచినీటి జలాలుగా మారడంతో ఈ సరస్సులో చిక్కుకుపోయిన సముద్రపు చేపలు కూడా కాలక్రమేణా మంచినీటికి అలవాటు పడి తమంతట తాముగా మంచినీటి చేపలుగా మార్పు చెందాయి. అయితే ఇది తప్పు అని తేలింది. నిజానికి ఇక్కడ కనిపించే షార్క్ చేపలు సరస్సులో చిక్కుకుపోయినవి కావని, నిజానికి అవి శాన్ జువాన్ నదీ వెంబడి ప్రవాహానికి ఎదురీది మరీ ఈ మంచినీటి సరస్సులో ప్రవేశించాయని 1960 లలో నిర్ధారించారు.

ఆవిర్భావం
తీర పట్టణాలు
సరస్సు తీరరేఖ లక్షణాలు
శీతోష్ణస్థితి-ఉద్భిజ్జ సంపద