1965లో గువేరా ఆఫ్రికాలో ప్రవేశించి అప్పటికే కొనసాగుతున్న కాంగో యుద్ధానికి తన జ్ఞానాన్ని, గెరిల్లాగా తన అనుభవాన్ని అందించడానికి నిశ్చయించుకున్నారు. అల్జీరియా అధ్యక్షుడు అహ్మద్ బెన్ బెల్లా ప్రకారం, గువేరా ఆఫ్రికాను సామ్రాజ్యవాదం యొక్క బలహీనమైన అతుకుగా భావించారు అందువలన తిరుగుబాటు శక్తి అధికంగా ఉంటుంది. చే తో భ్రాతృసంబంధాలు కలిగిఉన్న ఈజిప్టు అధ్యక్షుడు గమల్ అబ్దేల్ నాసర్, 1959లో తన పర్యటనలో, కాంగోలో పోరాడాలన్న గువేరా ప్రణాలికలను "తెలివితక్కువ"విగా చూసారు, ఆ ప్రణాళికల ఓటమి ఎదుర్కొంటారని హెచ్చరించారు. 

మరొక అదనపు అడ్డంకిగా, శ్వేత దక్షిణ ఆఫ్రికా బాడుగ సైనికులు మైక్ హార్ నేతృత్వంలో క్యూబా బహిష్కృతులు, CIAతో కలిసి, గువేరాను ఫిజి గ్రామం వద్ద లేక్ టంగ్యానిక వద్దగల పర్వతాలలో అడ్డగించడానికి కాంగో నేషనల్ ఆర్మీతో కలిసి పనిచేసారు. వారు ఆయన సమాచార ప్రసారాలను గమనించగలిగారు, అందువలన ఆయన దాడులను ముందే-నిష్ఫలం చేసేవారు, ఆయన పంపిణీ దారులను అడ్డగించేవారు. గువేరా కాంగోలో తన ఉనికిని దాచిఉంచాలని కోరుకున్నప్పటికీ, U.S. ప్రభుత్వానికి ఆయన స్థావరం, కార్యక్రమాల గురించి తెలుసు: నేషనల్ సెక్యూరిటీ ఏజెన్సీ], దార్ ఎస్ సలాం ప్రక్కన హిందూ మహా సముద్రంలో ఆపనికోసం నిరంతరం తేలియాడే శ్రవణకేంద్రం USNS Pvt జోస్ F. వాల్డెజ్ (T-AG-169)|USNS "Pvt జోస్ F. వాల్డెజ్" (T-AG-169) ద్వారా ఆయన ప్రసారం చేసే గ్రహిస్తున్న, పంపుతున్న వార్తలను అడ్డగించేది.

స్థానిక మొబుటు సింబ వ్యతిరేకయోధులకు మార్క్సిస్ట్ భావజాలం, గెరిల్లా యుద్ధతంత్ర వ్యూహాలయొక్క ఫోకో సిద్ధాంతంలను బోధించడంద్వారా విప్లవాన్ని వ్యాప్తి చేయడం గువేరా యొక్క లక్ష్యం. తన "కాంగో డైరీ" లో, స్థానిక కాంగోలీయుల అసమర్ధత, మారలేకపోవడం, పోరాడలేకపోవడం పోరాటం యొక్క అపజయానికి ముఖ్యకారణాలుగా పేర్కొన్నారు. అదే సంవత్సరంలో, అతిసారం, తీవ్రమైన అస్త్మాల బారినపడి, ఏడునెలల నిస్పృహతో మనస్తాపం చెంది, తన మిగిలినసైన్యంతో గువేరా కాంగో వదలివెళ్లారు. (ఆయన దళంలో ఆరుగురు మరణించారు). ఒక దశలో గాయపడ్డవారిని క్యూబాకు పంపి ఒక విప్లవవీరునికి ఉదాహరణగా తాను మరణించేవరకు కాంగోలో పోరాటంజరపాలని గువేరా భావించారు; ఏదేమైనా, దళసభ్యుల విన్నపం, కాస్ట్రో పంపిన ఇద్దరుదూతల వత్తిడులకు లోబడి, అయిష్టంగానే వెనుకకు మళ్ళారు. కాంగో గురించి గువేరా, "మానవకారకం ఓడిపోయింది. అక్కడ పోరాటపటిమ లేదు, నాయకులు లంచగొండులు, ఒకమాటలో, అక్కడ చేయడానికి ఏమీలేదు" అని ముగించారు. కొన్నివారాల తరువాత, కాంగో సాహసకాలంలోని తన డైరీకి ముందుమాట వ్రాస్తూ: "ఇది పరాజయం యొక్క చరిత్ర" అనిప్రారంభించారు.

గువేరా అన్ని బంధాలను తెంచుకొని పోరాటానికి అంకితం కావాలని అనుకున్నపుడు-కేవలం తాను మరణించినపుడు మాత్రమే బహిర్గతం చేయాలని కోరిన-వీడ్కోలు లేఖను కాస్ట్రో బహిర్గతం చేసినందువలన గువేరా క్యూబా తిరిగి రావడానికి ఇష్టపడలేదు. ఈ కారణంతో,గువేరా తరువాతి ఆరునెలలు దార్ ఎస్ సలాం, ప్రేగ్ లలో రహస్యంగా గడిపారు. ఈసమయంలో ఆయన కాంగో అనుభవంలో తన జ్ఞాపకాలను సంకలనం చేసారు, మరో రెండు పుస్తకాల చిత్తుప్రతులను వ్రాసారు, వీటిలో ఒకటి తత్వశాస్త్రం కాగా మరొకటి అర్ధశాస్త్రం. క్యూబన్ నిఘా వ్యవస్థ ద్వారా తన దక్షిణ అమెరికా పర్యటన కొరకు సృష్టించబడిన నకిలీ నిర్ధారణపత్రాలను పరీక్షించేందుకు అనేక పశ్చిమ యూరోపియన్ దేశాలు పర్యటించారు. గువేరా బోలీవియాకి సిద్ధంఅవుతూ, తన ఐదుగురి పిల్లలకీ తన మరణం తరువాత చదవవలసిందిగా సూచిస్తూ ఒక ఉత్తరంవ్రాసారు, వారికి ఆయన సూచనలతో అది ముగిసింది: 

డెమోక్రాటిక్ రిపబ్లిక్ అఫ్ కాంగో
వారసత్వం
లా కాబన, భూ సంస్కరణ, అక్షరాస్యత
అంతర్జాతీయ దౌత్యం