1993 జూన్ లో బురుండీలో ప్రజాస్వామ్యం హ్యూటు- ఫ్రంటు నాయకుడు మెల్చియరు నదడె మొదటి ప్రజాస్వామ్య ఎన్నికలో విజయం సాధించి హుటు ప్రభుత్వానికి నాయకత్వం వహించిన మొట్టమొదటి హుటు నాయకుడు అయ్యాడు. అక్టోబర్ 1993 అక్టోబరులో టుట్సీ సైనికులు న్దదాయేను చంపడంతో తలెత్తిన తీవ్రమైన సంఘర్షణలు టుట్సీ మెజారిటీకి వ్యతిరేకంగా మొదలైన జాతినిర్మూలన హత్యాకాండకు సంవత్సరాల కాలం కొనసాగింది. హత్య తరువాత సంవత్సరాలలో దాదాపు 3,00,000 మంది పౌరులు పౌరులు ప్రాణాలు కోల్పోయారు.

1994 ప్రారంభంలో పార్లమెంటు సైప్రియన్ నటియారిమిరా (హుటు) ను అధ్యక్షుడిగా ఎంపిక చేసింది. ఆయన రువాండా అధ్యక్షుడు జ్యువెనల్ హబ్యారిమానా ఒకేసారి 1994 ఏప్రెలులో విమానాన్ని కూల్చి చంపబడ్డారు. శరణార్థులు రువాండా పారిపోవడం ప్రారంభించారు. పార్లమెంటు స్పీకరు సిల్వెస్ట్రే నట్టిబంతంగని (హుటు) 1994 అక్టోబరులో అధ్యక్షుడిగా నియమితుడయ్యాడు. 13 పార్టీలకు చెందిన 12 సభ్యులతో సంకీర్ణ ప్రభుత్వం ఏర్పడింది. భీతికరమైన ఊచకోత మొదలైంది. రాజధానిలో బుజుంబరాలో ఉన్న అనేక హుటు శరణార్థులు, 

1996 లో తిరుగుబాటుదారుల ద్వారా పియరీ పెయోయోయ (టుట్సీ) మళ్లీ అధికారపీఠం అధిష్ఠించాడు. తరువాత ఆయన రాజ్యాంగం సస్పెండుచేసి 1998 లో అధ్యక్షుడిగా ప్రమాణస్వీకారం చేశాడు. 1987 నుండి 1993 వరకు కొనసాగిన ఆయన మొదటి పదవీకాలం తరువాత అధ్యక్షుడిగా ఆయన రెండవ పదవీకాల ఆరంభం అయింది. తిరుగుబాటు దాడులకు ప్రతిస్పందనగా ప్రభుత్వం ప్రజలలో ఎక్కువమందిని శ్రణార్ధుల శిబిరాలకు పంపవలసిన వత్తిడికి గురైంది. బుయాయొ పాలనలో దీర్ఘమైన శాంతి చర్చలు ప్రారంభించారు. దీనికి దక్షిణ ఆఫ్రికా మధ్యవర్తిత్వం వహించింది. బురుండిలో అధికారాన్ని పంచుకునే ఒప్పందం మీద అరూనా, టాంజానియా, ప్రిటోరియా, దక్షిణాఫ్రికాల్లో రెండు పార్టీలు సంతకాలు చేసాయి. ఒప్పందాలు కార్యరూపందాల్చడానికి నాలుగు సంవత్సరాలు పట్టింది.

2000 ఆగస్టు 28 న అరుషా శాంతి ఒప్పందంలో భాగంగా బురుండి ఆపత్కాల ప్రభుత్వం ఏర్పాటుకు ప్రణాళిక చేయబడింది. ఆపత్కాల ప్రభుత్వం 5 సంవత్సరాలుగా ప్రయోగాత్మకంగా ఉంచబడింది. అనేక కాల్పుల అసఫల విరమణ ఒప్పందాల తరువాత 2001 శాంతి ప్రణాళిక, అధికారం-భాగస్వామ్య ఒప్పందం విజయవంతమైంది. 2003 లో టుట్సీ-నియంత్రిత బురిండియన్ ప్రభుత్వం, అతిపెద్ద హుటు తిరుగుబాటు సమూహం (ప్రజాస్వామ్య రక్షణ కోసం డెమోక్రసీ-దళాల రక్షణ కోసం నేషనల్ కౌన్సిల్) కాల్పుల విరమణ సంతకం చేశారు.
2003 లో ఫోర్డెబూ నాయకుడు డోమిటీన్ నడిజీయే (హుటు) అధ్యక్షుడిగా ఎన్నికయ్యారు. 2005 ప్రారంభంలో బురుండి ప్రభుత్వంలో స్థానాలను నిర్ణయించడానికి సంప్రదాయ కుటాలు సమావేశం అయ్యారు. 2005 లో తిరుగుబాటు బృందం నాయకుడు పియరీ న్కురుంజిజా (హుటు)అధ్యక్ష్యునిగా ఎన్నిక చేయబడ్డాడు. 2008 నాటికి బురిండియన్ ప్రభుత్వం దేశంలో శాంతి నెలకొల్పడానికి హుటు నేతృత్వంలోని పాలిపెహుటు-నేషనల్ లిబరేషన్ ఫోర్సెసుతో చర్చలు జరిపింది. 

బురుండి రాజ్యం
ఆరోగ్యం
ప్రయాణ సౌకర్యాలు
ప్రజాపాలన ప్రయత్నం, టుట్సికి వ్యతిరేకంగా సామూహిక జాతి హత్యలు