సత్య సాయి బాబా మహిమలు, వాటి గురించిన భిన్నాభిప్రాయాలు, విమర్శల గురించి పై భాగంలో కొంత వ్రాయబడింది. ఇవే కాకుండా కొన్ని ప్రత్యేకమైన ఘటనలు బాబా వ్యక్తిత్వాన్ని గురించి, అతని సంస్థల గురించిన సంచలనాత్మకమైన విమర్శలకు కారణమయ్యాయి.
జూన్ 6, 1993న నలుగురు వ్యక్తులు చాకులతో సాయిబాబా గదిలోకి దూరారు. ఇద్దరు అనుచరులను చంపారు. ఆ నలుగురు ఆగంతుకులూ చంపబడ్డారు. ఇది వార్తా పత్రిలలో ప్రముఖంగా వచ్చింది. తన 1993 గురు పూర్ణిమ ఉపన్యాసంలో బాబా 'తన అనుయాయుల మధ్య ఉన్న అసూయ ఈ ఘటనకు కారణం' అని బాబా చెప్పాడు కాని అంతకంటే వ్యాఖ్యానించలేదు.. నలుగురు ఆగంతుకులనూ అక్కడే చంపవలసిన అవసరం ఉందా అన్న విషయంపై కూడా పలు వాదోపవాదాలు జరిగాయి.
ఇంకా ప్రైవేటుగా తనను సందర్శించ వచ్చిన వారి పట్ల సాయిబాబా లైంగిక ప్రవర్తన గురించిన 'ఫిర్యాదులు' కూడా తరచు వివాదాస్పదమయ్యాయి.

ముఖ్యంగా పాశ్చాత్య దేశాల పత్రికలలోనూ, టివి ఛానళ్ళలోనూ ఈ విషయమై విమర్శనాత్మకమైన కథనాలు వెలువడ్డాయి.
అలాగే సాయిబాబాను నమ్ముకొన్న ముగ్గురు వ్యక్తులు వివిధ సందర్భాలలో ఆత్మహత్య చేసుకోవడం పై గురించి కూడా పలు వివాదాలున్నాయి.
సాధారణంగా ఇటువంటి విమర్శలకు సాయిబాబా స్పందించడం జరుగలేదు. కాని 2000లో ఒక ఉపన్యాసంలో 'కొందరు ధన ప్రలోభాలకు లోబడి ఇటువంటి అపనిందలు వేస్తున్నారు' అని చెప్పారు.

బోధనలు
విమర్శలు
మహిమలు
జననం