2004లో కాంగ్రెస్ ప్రభుత్వం అధికారంలోకి వచ్చిన తరువాత మన్మోహన్ సింగ్ ప్రభుత్వం ముఖర్జీని రక్షణ మత్రిగా నియమించింది. అతను 2006 వరకు ఈ శాఖా బాధ్యతలను చేపట్టాడు. అతను తన పదవీకాలంలో యునైటెడ్ స్టేట్స్తో సహకారాన్ని విస్తరించాడు. 2005 జూన్ లో ముఖర్జీ 10 సంవత్సరాల ఇండో-యుఎస్ డిఫెన్స్ ఫ్రేమ్ వర్క్ ఒప్పందంపై సంతకం చేసాడు. యునైటెడ్ స్టేట్స్ తో సహకారం పెరుగుతున్నప్పటికీ, రష్యా భారతదేశ 'అగ్రశ్రేణి' రక్షణ భాగస్వామిగా ఉండేవిధంగా ముఖర్జీ సంబంధాలను కొనసాగించాడు.

అక్టోబరు 2005 లో భారతదేశంతోని రాజస్థాన్‌లో మొదటి ఉమ్మడి వ్యతిరేక తీవ్రవాద యుద్ధ ఎత్తుగడలను రష్యా నిర్వహించింది. ఈ సమయంలో ముఖర్జీ, రష్యా రక్షణ మంత్రి సెర్జెల్ ఇవనోవ్ లు ఒక భారీ మోర్టార్ వారి వేదిక నుండి కొన్ని మీటర్ల పడిన దూరంలో పడిన సంఘటనలో తృటిలో తప్పించుకున్నారు.

జీవిత విశేషాలు
ప్రభుత్వ కార్యాలయాలు
రక్షణ మంత్రి
ఆర్థిక మంత్రి