2000 ਵਿੱਚ, ਟੀਮ ਦੇ ਕੁਝ ਖਿਡਾਰੀਆਂ ਦੁਆਰਾ ਮੈਚ ਫਿਕਸਿੰਗ ਸਕੈਂਡਲ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਗਾਂਗੁਲੀ ਨੂੰ ਭਾਰਤੀ ਕ੍ਰਿਕਟ ਟੀਮ ਦਾ ਕਪਤਾਨ ਨਿਯੁਕਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਤੇਂਦੁਲਕਰ ਨੇ ਆਪਣੀ ਸਿਹਤ ਦੀ ਸਥਿਤੀ ਕਰਕੇ ਅਹੁਦਾ ਛੱਡਣ ਦਾ ਫੈਸਲਾ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਗਾਂਗੁਲੀ ਉਸ ਵੇਲੇ ਉਪ-ਕਪਤਾਨ ਸਨ। ਉਸ ਨੇ ਕਪਤਾਨ ਦੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਚੰਗੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤ ਕੀਤੀ ਅਤੇ ਪੰਜ ਮੈਚਾਂ ਦੀ ਇਕ ਦਿਨਾ ਸੀਰੀਜ਼ ਵਿਚ ਦੱਖਣੀ ਅਫਰੀਕਾ ਨੂੰ ਹਰਾਉਣ ਲਈ ਅਗਵਾਈ ਕੀਤੀ ਅਤੇ ਭਾਰਤੀ ਟੀਮ ਦੀ 2000 ਆਈ.ਸੀ.ਸੀ. ਨਾਕ ਆਊਟ ਟਰਾਫ਼ੀ ਦੇ ਫਾਈਨਲ ਵਿਚ ਅਗਵਾਈ ਕੀਤੀ। ਉਸ ਨੇ ਦੋ ਸੈਂਕੜੇ ਬਣਾਏ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿਚੋਂ ਫਾਈਨਲ ਵਿਚ ਬਣਾਇਆ ਇਕ ਸੈਂਕੜਾ ਵੀ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ ਹਾਲਾਂਕਿ, ਨਿਊਜ਼ੀਲੈਂਡ ਫਿਰ ਵੀ ਚਾਰ ਵਿਕਟਾਂ ਨਾਲ ਜਿੱਤ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਉਸੇ ਸਾਲ, ਗਾਂਗੁਲੀ ਨੇ ਇੰਗਲੈਂਡ ਵਿਚ ਕਾਉਂਟੀ ਕ੍ਰਿਕਟ ਕੈਰੀਅਰ 'ਤੇ ਆਪਣਾ ਹੱਥ ਅਜ਼ਮਾਉਣ ਦੀ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ ਕੀਤੀ, ਪਰ ਉਹ ਸਫ਼ਲ ਨਾ ਹੋਏ। 

ਉਸ ਦੇ ਲੈਂਕੇਸ਼ਾਇਰ ਟੀਮ ਦੇ ਸਾਥੀ ਐਂਡਰਿਊ ਫਲਿੰਟਾਫ ਨੇ ਉਸ ਨੂੰ ਅਲੱਗ ਕਰਨ ਅਤੇ ਉਸ ਦੇ ਰਵੱਈਏ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਪ੍ਰਿੰਸ ਚਾਰਲਸ ਨਾਲ ਕੀਤੀ। 2001 ਦੇ ਸ਼ੁਰੂ ਵਿਚ ਆਸਟ੍ਰੇਲੀਆ ਨਾਲ ਤਿੰਨ ਟੈਸਟ ਅਤੇ ਪੰਜ ਇਕ ਦਿਨਾ ਮੈਚਾਂ ਦੌਰਾਨ ਗਾਂਗੁਲੀ ਦੁਆਰਾ ਚਾਰ ਮੌਕਿਆਂ 'ਤੇ ਟਾਸ ਲਈ ਦੇਰ ਨਾਲ ਪਹੁੰਚਣ ਕਰਕੇ ਵਿਰੋਧੀ ਟੀਮ ਦੇ ਕਪਤਾਨ ਸਟੀਵ ਵਾ ਨੇ ਵਿਵਾਦ ਖੜ੍ਹਾ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਸੀ। ਚੌਥੇ ਇਕ ਰੋਜ਼ਾ ਵਿਚ, ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੁਆਰਾ ਆਪਣੇ ਖੇਡਣ ਵਾਲੇ ਕੱਪੜੇ ਨਾ ਪਹਿਨਣ ਕਰਕੇ ਉਹ ਇਕ ਹੋਰ ਵਿਵਾਦ ਪੈਦਾ ਹੋਣ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣੇ, ਕ੍ਰਿਕਟ ਯਗਤ ਵਿਚ ਅਜਿਹਾ ਕੁੱਝ ਅਸਾਧਾਰਨ ਮੰਨਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਭਾਰਤ ਨੇ ਟੈਸਟ ਲੜੀ 2-1 ਨਾਲ ਜਿੱਤੀ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਦੂਜੇ ਟੈਸਟ ਮੈਚ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਆਸਟਰੇਲੀਆ ਦੀ 16 ਲਗਾਤਾਰ ਟੈਸਟ ਮੈਚਾਂ ਦੀ ਜਿੱਤ ਦੀ ਲੜੀ ਟੁੱਟੀ। ਨਵੰਬਰ 2001 ਵਿਚ, ਗਾਂਗੁਲੀ ਦੀ ਪਤਨੀ ਡੋਨਾ ਨੇ ਧੀ ਸਨਾ ਨੂੰ ਜਨਮ ਦਿੱਤਾ। ਗਾਂਗੁਲੀ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਵਿਚ ਸੰਨ 2003 ਵਿੱਚ, ਭਾਰਤ ਪਹਿਲੀ ਵਾਰ 1983 ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਵਿਸ਼ਵ ਕੱਪ ਫਾਈਨਲ ਵਿਚ ਪਹੁੰਚਿਆ ਸੀ, ਜਿੱਥੇ ਉਹ ਆਸਟ੍ਰੇਲੀਆਈ ਟੀਮ ਤੋਂ ਹਾਰ ਗਏ ਸਨ। ਇਸ ਟੂਰਨਾਮੈਂਟ ਵਿਚ ਗਾਂਗੁਲੀ ਨੇ ਨਿੱਜੀ ਤੌਰ 'ਤੇ 58.12 ਦੀ ਔਸਤ ਨਾਲ 465 ਦੌੜਾਂ ਨਾਲ ਸ਼ਾਨਦਾਰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕੀਤਾ, ਜਿਸ ਵਿਚ ਤਿੰਨ ਸੈਂਕੜੇ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।<ref name="SC Ganguly / One-Day Internationals / Series averages"></ref> 2004 ਤੱਕ, ਉਸਨੇ ਕਪਤਾਨ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਫ਼ਲਤਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੀ ਅਤੇ ਉਹ ਭਾਰਤ ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਸਫ਼ਲ ਕ੍ਰਿਕਟ ਕਪਤਾਨਾਂ ਵਜੋਂ ਮੰਨੇ ਜਾਂਦੇ ਸਨ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਉਸ ਦੀ ਕਪਤਾਨੀ ਸ਼ਾਸਨ ਦੌਰਾਨ ਉਸ ਦੀ ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਕਾਰਗੁਜ਼ਾਰੀ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਵਿਗੜ ਗਈ ਸੀ, ਖ਼ਾਸ ਕਰਕੇ ਵਿਸ਼ਵ ਕੱਪ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, 2003 ਵਿੱਚ ਆਸਟ੍ਰੇਲੀਆ ਦੇ ਦੌਰੇ ਅਤੇ 2004 ਵਿੱਚ ਪਾਕਿਸਤਾਨ ਦੀ ਲੜੀ ਵਿਚ। 2004 ਵਿੱਚ ਆਸਟ੍ਰੇਲੀਆ ਨੇ ਪਹਿਲੀ ਵਾਰ 1969 ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਭਾਰਤ ਵਿੱਚ ਟੈਸਟ ਸੀਰੀਜ਼ ਜਿੱਤੀ। ਇਹ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ ਕਿ ਗਾਂਗੁਲੀ ਨਾਗਪੁਰ ਵਿਚ ਤੀਜੇ ਟੈਸਟ ਲਈ ਵਰਤੀ ਜਾਣ ਵਾਲੀ ਪਿੱਚ ਦੀ ਕਿਸਮ ਨਾਲ ਸਹਿਮਤ ਨਹੀਂ ਸੀ। ਮੈਦਾਨ ਬਣਾਉਣ ਵਾਲੇ ਕਾਮੇ ਗਾਂਗੁਲੀ ਦੇ ਵਿਰੁੱਧ ਹੋ ਗਏ, ਉਹਨਾਂ ਨੇ ਪਿੱਚ 'ਤੇ ਵੱਡੀ ਮਾਤਰਾ 'ਚ ਘਾਹ ਛੱਡ ਦਿੱਤਾ। ਕੁਝ ਮਾਹਿਰਾਂ ਨੇ ਸੰਕੇਤ ਦਿੱਤਾ ਕਿ ਇਸਦਾ ਕਾਰਨ ਭਾਰਤੀ ਕਪਤਾਨ ਦੇ ਖਿਲਾਫ਼ "ਵਿਰੋਧ ਜਾਂ ਬਦਲਾ" ਲੈਣਾ ਸੀ। ਜਦੋਂ ਆਸਟ੍ਰੇਲੀਆ ਦੇ ਕਪਤਾਨ ਐਡਮ ਗਿਲਕ੍ਰਿਸਟ ਟਾਸਕ ਕਰਨ ਪਹੁੰਚੇ ਤਾਂ ਉਸ ਨੇ ਦੇਖਿਆ ਕਿ ਰਾਹੁਲ ਦ੍ਰਾਵਿੜ ਉਸ ਦੀ ਗਾਂਗੁਲੀ ਦੀ ਬਜਾਏ ਉਡੀਕ ਕਰ ਰਿਹਾ ਸੀ ਅਤੇ ਉਸ ਨੇ ਰਾਹੁਲ ਨੂੰ ਪੁੱਛਿਆ ਕਿ ਗਾਂਗੁਲੀ ਕਿੱਥੇ ਹੈ? ਦ੍ਰਾਵਿੜ ਨੇ ਇਕ ਸਪੱਸ਼ਟ ਜਵਾਬ ਨਹੀਂ ਦਿੱਤਾ ਅਤੇ ਕਿਹਾ: "ਓ, ਉਸ ਨੂੰ ਕੌਣ ਜਾਣਦਾ ਹੈ?" 

2004 ਵਿੱਚ ਵੱਖਰੇ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕਾਰਨ, ਅਤੇ 2005 ਵਿੱਚ ਮਾੜੇ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕਾਰਨ, ਉਸ ਨੂੰ ਅਕਤੂਬਰ 2005 ਵਿੱਚ ਟੀਮ ਤੋਂ ਬਾਹਰ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਜਦੋਂ 2000 ਵਿਚ ਮੈਚ ਫਿਕਸਿੰਗ ਸਕੈਂਡਲ ਦੇ ਕਾਰਨ ਟੀਮ ਦੀ ਸ਼ਰਮਨਾਕ ਹਾਰ ਹੋਈ ਸੀ, ਤਾਂ ਦ੍ਰਾਵਿੜ ਨੂੰ ਕਪਤਾਨ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ। ਗਾਂਗੁਲੀ ਨੇ ਸੰਨਿਆਸ ਨਾ ਲੈ ਕੇ ਟੀਮ ਵਿਚ ਵਾਪਸੀ ਕਰਨ ਦੀ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ ਕੀਤੀ। ਗਾਂਗੁਲੀ ਨੂੰ 2004 ਵਿਚ ਭਾਰਤ ਦੇ ਚੌਥੇ ਸਰਵ ਉੱਚ ਨਾਗਰਿਕ ਪੁਰਸਕਾਰ ਪਦਮਸ੍ਰੀ ਨਾਲ ਸਨਮਾਨਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ 30 ਜੂਨ 2004 ਨੂੰ ਭਾਰਤ ਦੇ ਰਾਸ਼ਟਰਪਤੀ , ਡਾ. ਏਪੀਜੇ ਅਬਦੁਲ ਕਲਾਮ ਦੁਆਰਾ ਪੁਰਸਕਾਰ ਨਾਲ ਸਨਮਾਨਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। 

ਜੀਵਨੀ
1997-99: ਵਿਆਹ, ਇਕ ਰੋਜ਼ਾ ਮੈਚਾਂ ਓਪਨਿੰਗ ਅਤੇ ਵਿਸ਼ਵ ਕੱਪ 1999
1972-1989: ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਜ਼ਿੰਦਗੀ ਅਤੇ ਕ੍ਰਿਕੇਟ ਦੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤ
2000-05: ਕਪਤਾਨੀ ਅਤੇ ਪ੍ਰਸ਼ੰਸਾ